Earticle

Stearoyl-CoA desaturase (SCD1) gene plays important role in fatty acid composition. In order to find marker-assisted selection (MAS) for improving the economic trait, this study was performed to identify the 878T>C single nucleotide polymorphism (SNP) on SCD1 gene. Three genotypes (CC, CT, and TT) were detected in 878T>C SNP of SCD1 gene from 103 Hanwoo population by polymorphism chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) and economic traits were analyzed by general linear model. The frequency of allele C and T was 0.534 and 0.466, also the genotype frequency of CC, CT and TT was 0.252, 0.563, and 0.184, respectively in the Hanwoo population. The TT genotype of SCD1 gene showed a significantly higher measures (p<0.05) of carcass weight (CW) than CT, CC genotype. No significant association was detected between genotype and other economic trait (marbling, backfat thickness, and longissimus muscle area) in this study. The results revealed that SCD1 gene 878T>C SNP could be useful for effective MAS to increase the economic quality in Hanwoo population.

Because the import of Inonotus obliquus have been rapidly increased in Korea, we developed the Inonotus species-specific marker by using various sequences including ITS sequences, PCR-RFLP and STS primers and used this marker to determine both genetic relatedness and strains discrimination of Inonotus spp. Total 17 different Inonotus spp. were examined by using ITS sequences and classified into 2 different groups. One strain, ASI74008 isolated from Kamchaka island of Siberia, showed the high sequence identity (98%) at the nucleotide level to the other I. obliquus DSM strain, indicating the ASI74008 belong to I . obliquus species. Comparison of banding patterns after restriction enzyme digestions with PCR amplicons of ITS region revealed some variations depending on the species and strains. However, PCR products amplified with STS primer showed species specific patterns.Therefore, use of both STS primers and PCR-RFLP could help for better strain identification.

본 연구는 319두의 서로 다른 품종에서 PSE육을 생산하는 PSS 돼지 출현빈도를 조사하였다(Yorkshire 150; Landrace 89 and Duroc 80). PCR-RFLP법을 이용하여 돼지의 모근을 DNA sample로 사용하여, PCR로 증폭된 유전자는 Cfo I 제한 효소로 절단하여 종돈에 존재하는 ryanodine receptor (RYR 1) 돌연변이 유전자의 출현빈도를 조사한 결과를 요약하면 다음과 같다. 모근에서 추출한 DNA를 주형으로 한 Primary PCR을 수행한 결과 ryanodine receptor 유전자 중 659bp의 증폭산물을 얻었으며, second PCR을 수행한 결과에서는 522 bp의 증폭산물을 얻었다. 이 증폭산물은 porcine ryanodine receptor 유전자의 exon 영역 중 PSS를 유발하는 point mutation(C→T; Arg→Cys) 부분을 포함하고 있으므로 Cfo I 제한효소에 의해 분석될 수 있으며, agarose gel 전기영동에 의하여 세 가지의 유전자형으로 분류할 수 있다. 정상 homotype(NN)은 두 개의 DNA band(439, 83bp)로 나타나며, 열성 homotype(nn)은 552 bp의 단일 밴드로 출현한다. 그리고 세 개의 밴드(522, 439 그리고, 83 bp)는 heterotype(Nn)의 잠재성 돼지로 표현된다. Yorkshire종에서는 정상돼지가 98.00%로 나타났으며, hetero 돼지는 2.00% 그리고, PSS돼지는 출현하지 않았다. Landrace 돼지에서는 정상돼지가 87.64%로 나타났으며, hetero 돼지와 PSS패지가 각각 11.24와 1.12%로 나타났으나, Duroc종에서는 정장돼지(NN)만이 출현하였다. 대립 유전자 빈도는 Yorkshire종은 정상 N유전자가 0.990의 비율로 나타났으며, 열성 n 유전자는 0.010의 비율로 출현하였으며, Landrace종에서는 N유전자와 n유전자가 각각 0.933과 0.067의 빈도로 출현하였으며, Duroc종에서는 N 유전자의 빈도가 1.000의 빈도로 나타났으나, n유전자의 빈도는 0.000의 빈도로 나타났다. 3품종 집단 모두에서 Hardy-Weinberg 법칙과 일치하여 유전적 평형을 이루고 있었다.

This study was carried out to investigate PSS (Porcine Stress Syndrome) with the PSE (Pale, Soft, Exudative) in 319 different pigs(Yorkshire 150; Landrace 89 and Duroc 80). The PCR-RFLP method was adapted to detect the ryanodine receptor (RYR 1) gene mutation and to estimate the genotype frequency of the RYR1 gene in breeding pig population. The DNA samples were collected from hair follicles of pigs of Yorkshire, Landrace and Duroc. After DNA amplification by PCR, the PCR products were digested by restriction enzyme, Cfo I. Primary PCR products of ryanodine receptor gene were length of 659 bp in hair follicle and their second PCR products were length of 522 bp in hair follicle. The exon region (522 bp) including point mutation (C→T; Arg→Cys) in the porcine ryanodine receptor gene, which is a causal mutation for PSS, was digested with Cfo I restriction enzyme. The RYR1 gene was classifed into three genotypes by agarose gel electrophoresis. The normal homozygous (NN) individuals showed two DNA fragments consisted of 439 and 83 bp. The mutant homozygous (nn) individuals showed only one DNA fragment 522 bp. In addition, all three fragments (522, 439 and 83 bp) were showed in heterozygous (Nn) carrier animals. The normal homozygous (NN), heterozygous (Nn) and mutant homozygous (nn) were 98.00, 2.00 and 0.00% in Yorkshire pigs, 87.64, 11.24 and 1.12% in Landrace, 100.00, 0.00 and 0.00% in Duroc, respectively. The gene frequencies of N and n were 0.990 and 0.010 in Yorkshire pigs, 0.933 and 0.067 in Landrace, 1.000 and 0.000 in Duroc, respectively.

본 연구는 분만시 동복 신생자돈의 제대혈에서 추출한 genomic DNA를 PCR-RFLP 기법을 이용하여 농가수입증대를 위하여 육질이 불량한 PSS 돼지를 판별하는 방법을 개발하기 위한 기초실험으로써 그 결과를 요약하면 다음과 같다. 자돈 제대에서 혈액 genomic DNA를 추출하여 PCR에 의하여 증폭된 ryanodine receptor gene 영역의 산물은 자돈의 제대혈에서 1.8kb의 길이로 증폭되었음을 확인하였다. 제대혈에서 추출된 DNA 의 PCR 증폭 단편을 가지고 Hha I 제한효소로 digest 하여준 결과에서 PSS 돼지는 Yorkshire 종에서 출현하지 않았으나, Landrace 종과 Crossbred 종에서 각각 4.76%와 7.14%로 교잡종(LYD 또는 YLD)에서 더욱 많이 출현되었다. 이상의 결과로 볼 때 분만시 신생자돈의 제대혈을 채취하여 PSS 돼지를 조기에 선발하면 스트레스 감소는 물론 혈액채취의 간편성을 기대할 수 있을 것으로 판단된다.

This study was carried out to find out PSS(Porcine Stress Syndrome) with the PSE(Pale, Soft, Exudative) in different piglets. These experiments were accomplished with the aid of PCR-RFLP(Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism). The samples were collected and examined from umbilical cord blood of piglets of Yorkshire, Landrace and Crossbred. And then, the PCR products were digested by restriction enzyme, Hha I. The results obtained were as follows; The PCR products of the blood genomic DNA of ryanodine receptor gene were length of 1.8kb in umbilical cord blood. Normal type(NN), heterozygous type(Nn) and recessively homozygous type(nn, PSS) as a result of digestion of restriction enzyme, Hha 1, were 90.0%, 10.0% and 0.0% in Yorkshire piglets, 76.2%, 19.0% and 4.8% in Landrace, 69.1%, 23.8% and 7.1% in crossbred, respectively. As already showing the above results, the blood from piglets umbilical cord can be availably used for the determination of genotypes of PSS because of easiness of blood collection without stress in live piglets.

The insulin-like growth factor binding proteins (IGFBPs) is involved in the regulating effects and the biological activities of the insulin-like growth factors (IGFs). Recently, It has been reported that the IGFBP2 gene polymorphism was associated growth and skeletal development in chicken. This study was designed to investigate the association of the C1032T SNP of IGFBP2 gene with growth and egg production traits in Korean native chicken (KNC) population as well as other chicken breeds. A total of 225 chickens from the three breeds (Rhode Island Red, Cornish, Leghorn) and 245 chickens from the six strains of Korean native chickens including Black, Gray, Ogol, Red, White, and Yellow, were genotyped by PCR-RFLP (polymerase chain reaction-restricted fragment length polymorphism) and analyzed the association between their genotypes and economic traits by SAS program. The results showed that the SNP (single nucleotide polymorphism) was significantly associated with multiple traits, including body weight of 150 days (p<0.001 and p<0.05) in the Rhode Island Red and the KNC (White) and egg production number (p<0.05) in the KNC (Black) breed. These results suggest that IGFBP2 C1032T SNP could be used as a DNA marker for the improvement of economic traits in Korean native chicken breeding.

The aim of this study is to investigate the genetic interrelationships between economic or meat quality traits (birth weight, weaning weight, average daily gain, market weight, carcass weight, backfat thickness, water, ash, fat, protein, water holding capacity and pH) and 6 SNPs located on six selected candidate genes (MC4R, PGK2, TNNI1, TNNI2, PIK3C3, and CTSK) in Korean native pigs. The genotypes were identified in the 6 SNPs by polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) procedure, and association of the genotype on economically important traits was analyzed by general liner model. According to the analyzed results, the MC4R c.1426A>G was correlated with birth weight (p=0.032) and the PGK2 g.122T>G was associated with pH (p=0.026). These findings obtained in the present revealed that the each SNPs of MC4R and PGK2 could be useful as potential genetic markers for birth weight and pH in Korean native pigs, respectively.

The melanocortin receptor type 4 (MC4R) gene is expressed in the hypothalamus and regulates energy intake and body weight. Recently, it has been reported that obesity and energy balance in human were also regulated by the MC4R gene. Therefore the objective of this study was to identify the polymorphism on the MC4R gene SNP C1786T and its association with economic traits in Korean native cattle (brindle and black cattle) by PCR-RFLP. A total of 125 cattle from the two breeds were tested for economic traits (meat quality index, backfat, thickness, carcass weight, longissimus muscle area and marbling score) and data was analyzed using SAS program. In the results, C allele had highest frequency than G allele frequency in the both breeds and the gene was significantly associated with meat quantity index and backfat thickness in brindle cattle breed. However, in black cattle, the gene was significantly associated with longissimus muscle area (p<0.05). These results suggest that C1786T SNP of the MC4R gene may be useful as a genetic marker for economic traits in the brindle and black cattle.

본 연구는 도체성적을 보유하고 있는 제 31차, 32차 한우 후보종모우 집단 228두를 선발 하여 DNA를 분리 정제 후 exon 2에 위치한 bovine leptin gene 염기서열 가운데 특정 염기서열을 갖는 2 좌위의 primer를 합성하여 PCR 수행 후 PCR-product를 이용하여 2 종류의 제한효소 Kpn 2 I, Msp I 으로 반응시킨 후 두 가지 형태의 대립 유전자를 검정하여 경제형질과의 관련성을 분석하였다. PCR-RFLP를 통하여 얻어진 leptin gene의 유전자형 빈도는 Kpn2 I의 경우 C 유전자 빈도(0.25)보다 T 유전자 빈도(0.75)가 높게 나타났으며 Msp I으로 처리한 경우 M 유전자 빈도(0.35)보다 m 유전자 빈도(0.65)가 높게 나타났다. 통계적 분석을 통하여 각 유전자형에 대한 경제형질과의 관련성을 분석한 결과 제한효소 Kpn2 I으로 처리한 경우 도체율에서 CT 유전자형과 CC 유전자형 사이에 유의적 차이가 나타났으며(p<0.05), Msp I의 경우 도체중 Mm 유전자형과 mm 유전자형 사이에 통계적 유의성이 나타났다(p<0.05).

The identification of the leptin gene in 1994 and it's adipocytes specific protein leptin has provided the first physiological links to the regulatory system controlling body weight and fat deposits. The meat tastes is mainly determined by quantify and quality of triglyceride stored in adipose tissue. This study was conducted to analyze genetic characteristics of Hanwoo leptin gene and also to investigate the association of DNA marker with some economic meat traits for Hanwoo.The leptin hormone gene polymorphisms were identified by digestion with Kpn2Ⅰ and MspⅠ. Slaughter weight(SWT), slaughter percentage(SP), longissimus muscle area(LMA), beef marbling score(MS) and back fat thickness(BF) were compared among three genotypes by PCR-RFLP and showed significant differences among genotypes. PCR-RFLP(Kpn2Ⅰ) were detected significant for SP, MS and BF. The allele was associated with fatter carcasses and C allele with leaner carcasses.

본 연구는 Pvu II PCR-RFLP를 이용하여 Yorkshire종 돼지에서 Estrogen Receptor의 유전적 다형과 산자수간의 관련성을 분석하기 위하여 수행되었다. 무창 돈사에서 사육중인 242두의 종빈돈으로부터 혈액을 채취하여 Pvu II PCR- RFLP로 ER 유전자형을 결정하였다. ER 유전자 좌위에서 유전자 빈도는 각각 0.39(A)와 0.61(B)였다. ER 유전자형별 산자수에 대한 효과는 최소제곱평균을 설명하는 고정모형을 설정하여 추정하였다. 분석결과 복당 총산자수와 실산자수에서 특정 ER 대립유전자(B)에서 산자수 증진효과가 관찰되었다. 따라서 돼지 ER 좌위의 유전적 변이는 번식돈의 산자수 증대와 관련된 marker-assisted selection(MAS)에 응용될 수 있을 것으로 사료된다.

This study was performed to investigate a possible association of the porcine estrogen receptor(ER) locus with the total number of born(TNB) and number of born alive(NBA) in Yorkshire pigs. Using DNAs extracted from 242 Yorkshire pigs, the ER genotype was determined by Pvu II PCR-RFLP. The ER allele frequencies of two types of A and B were 0.39 and 0.61, respectively. The least squares means of the litter size by ER genotype was evaluated. The TNB and NBA were found to be associated with an specific ER allele. The genotype at the porcine ER locus has an application potential for marker-assisted selection for litter size in pigs.

This study describes an efficient approach to the development of DNA markers for use in distinguishing the Scrophularia species that have been used as useful medicinal crops. In order to distinguish Scrophularia species, DNA sequences of rpl-5 region in mitochondrial DNA of Scrophularia species were analysed for detecting sequence variations, and the PCR-RFLP method was applied for developing practicable DNA marker patterns. Several DNA variations were detected by the sequence comparison of rpl-5 region among Scrophularia species. Genetic relationship analysis of Scrophularia species was carried out based on these DNA variations. DNA variations of rpl-5 region were revealed that it was significantly efficient in genetic relationship analysis of Scrophularia species. In addition, Scrophularia species tested in this study were completely discriminated by four polymorphic genotypes by PCR-RFLP combined with Tsp509 I (^AATT) restriction enzyme. Our results suggested that DNA sequence variations of rpl-5 region were sufficiently useful for genetic relationship analysis of Scrophularia species. Polymorphic genotypes by PCR-RFLP using the Tsp509 I enzyme will be useful for discrimination of Scrophularia species as a practicable DNA markers.

최근 재래가축 유전자원의 중요성이 부각되면서 그 중의 칡소의 유전형 확립이 대두 되고 있다. 칡소는 호반모를 가진 종모우의 정액을 이용하여 수정하여도 호반모가 아닌 일반 한우의 모색과 비슷한 양상으로 출현하는 개체들이 있다. 이는 칡소 모색 관련 유 전자들의 발현이 고정되지 않았다는 가능성을 제시한다. 소의 모색관련 유전자 중에서 melanocortin 1 receptor(MC1R) 유전자의 결실은 한우의 모색 및 한우고기의 판별에 이 용되어 왔다. 본 연구는 PCR-RFLP 기법으로 melanocortin 1 receptor(MC1R) 좌위의 유 전자형 검출을 통해 칡소와 한우의 유전자형 빈도와 염기 서열상의 차이를 비교 분석함 으로써, 칡소의 모색 발현에 관련된 MC1R 유전자를 이용하여 호반모 발현 비율과 유전 양상을 밝히기 위하여 수행되었다. 본 연구는 전라북도 축산위생연구소 축산시험장에서 사육 중인 칡소로 부계나 모계를 알고 있거나 가계가 형성된 칡소로 부터 혈액을 채취하여, Genomic DNA를 추출하였다. MC1R 특이 유전자 마커를 이용하기 위해 GenBank(S71017)에 등록된 염기 서열을 참고 하여 Primer를 설계하였다. MC1R 유전자의 증폭을 위한 PCR 반응 조건은 95℃에서 10 분간 정치 후 95℃ 30초, 60℃ 30초, 72℃ 1분 총 35 cycle을 수행한 뒤 72℃에서 5분 간 반응시켜 PCR을 완료하였다. 증폭된 MC1R 유전자 739 bp산물을 MspI으로 3시간 처 리 후 전기 영동하여 DNA 절편을 확인하였다. PCR 증폭 산물을 MspI 처리한 결과, 한우의 절편 양상은 2개의 절편(534 bp, 207 bp) 으로 대부분 나타났으며, 칡소는 4개의 절편(535 bp, 328 bp, 207 bp, 174 bp) 양상이 3 개의 절편(328 bp, 207 bp, 174 bp) 양상보다 다소 많은 경향을 보였다. 이 연구에서 얻 어진 한우와 칡소의 유전자 절편 양상을 비교 분석하여 호반모 발현비율을 증가시키는 교배체계의 확립에 이용될 수 있을 것으로 기대된다.

건강에 대한 관심의 증대로 인한 저염식품의 개발 필요성에 맞추어 오이발효에 염의 농도를 낮추게 되면 정상적 일차발효 후에 이차발효가 진행됨으로써 결국 부패하게 된다. 장기간에 걸쳐 다양한 균의 복합적 작용으로 진행되는 저염 발효오이의 부패 과정을 이해하기 위하여 이에 관련된 균을 분리 동정하였다. 부패발효액을 무기배양하여 균을 분리하고 이들의 16s rRNA 유전자 부분을 universal primer를 이용한 PCR로서 증폭하여 서열분석 하였다. 분석된 800 염기 길이의 서열 전체를 그대로 이용하여 NCBI의 BLAST로서 유사종을 찾고 RDP의 Sequence Aligner와 Sequence Match에서 재확인하여 분리된 균을 3속 8종으로 동정하였다. Database 내의 표준균 서열을 기반으로 한 제한효소 지도와 동정된 균의 PCR 생성물의 제한효소 처리결과(RFLP)를 비교하여 동정 결과를 실험으로 검정 하였다. 동정과정에서 sequencing 결과 전체를 이용하는 점과 RDP를 통한 확인과 RFLP를 이용한 검정은 동정 결과에 대한 신뢰도를 한층 증가시켰다. 또 분리된 8종은 개별적 특징의 조사나 적절한 조합을 이룰 때의 상호 의존도 등을 조사할 수 있게 함으로써 여러 균에 의한 복합적 과정인 부패를 순차적 혹은 요인별로 나누어 살펴보는 연구를 가능하게 한다.

The aim of this study was to isolate and identify the spoilage bacteria in the low salt cucumber brine. The PCR amplicons comprising a portion of the 16S rRNA gene of the isolated colonies were directly sequenced and the untrimmed whole sequencing results of the unknown strains were aligned with the type strains using BLAST of NCBI. Then Sequence Aligner and Sequence Match of RDP confirmed the outcome. The identified isolates were eight species and belong to three genuses: Clostridium, Lactobacillus, and Bacillus. The RFLP pattern of the 16S rRNA gene of isolates verified the identified species. From now on the complex spoiling process of law salt fermented cucumber could be analyzed using the isolated species individually or with certain combinations.

연구배경: 단일염기다형성(Single nucleotide polymorphism, SNP)은 인간의 유전자 서열 1000염기에 1개 빈도로 발견되어 인간은 대략 300만개의 유전자 다형성을 가지고 있다. 이 유전자 다형성의 조합결과로 인간의 개체 간 특성들이 결정되는 것으로 이해되고 있다. 이러한 다형성들의 조합양상에 따라 특이 질환에 대한 유전자 감수성 또한 달라지게 되므로 최근에는 많은 질환들과 유전자 다형성들과의 상관관계를 보는 연구들도 활발하게 진행되고 있다. 이러한 SNP분석은 큰 집단을 대상으로 진행되어 지므로 적은 비용으로 정확하게 그리고 대용량으로 분석할 수 있는 방법이 필요하다. 방 법: 대상 환자 89명의 genomic DNA를 가지고서 promotor상에 위치한 -37과 -524 염기부위에서 유전자 다형성을 보이는 것으로 보고되어져 있는 RRM1(ribonucleotide reductase M1) 유전자를 대상으로 PCR-RFLP(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism)와 real-time PCR(RTPCR, TaqMan probe assay)을 동시에 시행한 후 각각의 결과를 비교 분석하였다. 결 과: 대상 DNA 89예 중 -37에서는 2예(2.17%), -524에서는 15예(16.26%)가 서로 다른 양상을 보였다. 결과 차이를 보인 샘플 17예를 대상으로 직접 염기서열 분석을 시행하여 본 결과, 17예 모두 RT-PCR에서 확인되었던 결과와 일치함을 확인할 수 있었다. 추가 샘플 138예를 대상으로 RT-PCR을 2회 연속 실행하여 genotyping을 해 본 결과 98%이상의 높은 일치율을 보였으며, 그중 10예를 무작위로 골라 직접 염기서열 분석을 시행하여 본 결과, 역시 100%일치, 높은 정확도를 보였고 이는 in-tube assay 방식으로 샘플의 오염을 최소화 할 수 있었으며 72 well based system(Corbett Research)을 이용함으로 1회 유전자 증폭반응을 통해 많은 검체를 한 번에 확인할 수 있어 매우 빠른 검사방법 이었다. 결 론: 큰 집단을 대상으로 다량의 SNP를 분석하기 위한 실험 방법으로는 RT-PCR이 신속하면서도 정확한 결과를 얻을 수 있는 방법으로 사료된다.

Background: Single nucleotide polymorphisms (SNPs), which consist of a substitution of a single nucleotide pair, are the most abundant form of genetic variations occurring with a frequency of approximately 1 per 1000 base pairs. SNPs by themselves do not cause disease but can predispose humans to disease, modify the extent or severity of the disease or influence the drug response and treatment efficacy. Single nucleotide polymorphisms (SNPs), particularly those within the regulatory regions of the genes often influence the expression levels and can modify the disease. Studies examining the associations between SNP and the disease outcome have provided valuable insight into the disease etiology and potential therapeutic intervention. Traditionally, the genotyping of SNPs has been carried out using polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism(PCR-RFLP), which is a low throughput technique not amenable for use in large-scale SNP studies. Recently, TaqMan real-time PCR chemistry was adapted for use in allelic discrimination assays. This study validated the accuracy and utility of real-time PCR technology for SNPs genotyping Methods: The SNPs in promoter sequence (-37 and -524) of lung cancer suppressor gene, RRM1 (ribonucleotide reductase M1 subunit) with the genomic DNA samples of 89 subjects were genotyped using both real-time PCR and PCR-RFLP. Results: The discordance rates were 2.2% (2 mismatches) in -37 and 16.3% (15 mismatches) in -524. Auto-direct sequencing of all the mismatched samples(17 cases) were in accord with the genotypes read by real-time PCR. In addition, 138 genomic DNAs were genotyped using real-time PCR in a duplicate manner (two separated assays). Ninety-eight percent of the samples showed concordance between the two assays. Conclusion: Real-time PCR allelic discrimination assays are amenable to high-throughput genotyping and overcome many of the problematic features associated with PCR-RFLP.

목 적 : 성장호르몬 분비를 촉진하는 ghrelin는 여러 질병에서의 역할은 아직까지 잘 알려져 있지 않았다. 그러나 최근에 ghrelin 유전자 변이가 비만과 당뇨병과 관련이 있는 것으로 알려졌다. 현재까지 보고된 ghrelin 유전자 이상으로는 SNP인 Arg51Gln, Leu72Met, G274A가 있으며 이중 가장 흔한 이상인 Leu72Met 변이이다. 일반적으로 ghrelin 유전자의 Leu72Met와 같은 diallelic 다형성을 스크리닝하는데 SSCP, RFLP, sequencing 등이 사용되어 왔으나 향후 비만 환자들에서 가장 효과적이고 정확하게, 손쉽게 ghrelin 유전자의 Leu72Met 다형성 분석을 검출할 수 있는 스크리닝 방법을 찾아 임상적 적용에 이용하고자 하였다. 방 법 : 비만소아에서 ghrelin 유전자의 Leu72Met 다형성 분석을 PCR-RFLP, PCR-SSCP와 ARMS 분석 방법을 이용하여 비교분석하고 이들의 검사방법의 장단점을 알아보았다. 결 과 : PCR-RFLP, PCR-SSCP와 ARMS 분석 모두에서 allele 특이산물의 밴드가 뚜렷이 구별할 수 있었으며 상기 방법에 의한 결과는 모두에서 일치하였다. PCR-SSCP 방법은 점돌연변이의 존재 여부를 많은 시료를 대상으로 쉽게 분자학적 스크리닝할 수 있는 장점이 있으나 조작이 간단하지 않고 비용부담이 많다. BsrI 제한효소를 이용한 PCR-RFLP법은 비교적 용이하고 간단하여 널리 쓰이는 방법이지만 충분한 고농도의 DNA가 필요하며 전기영동 결과의 올바른 해석이 쉽지 않았다. 이에 비하여 ARMS 분석법은 위의 방법들보다는 간편하여 검사의 소요시간도 짧으며, 검출률이 높고 결과 해석이 매우 쉬웠다. 결 론 : 따라서 본 실험에서 시행한 ghrelin의 Leu72Met 유전자의 다형성을 결정하는 방법 중에는 ARMS 분석법이 정확하고 검사 분석법 및 결과 해석이 매우 쉽고 검사의 소요시간도 짧아 대량 검체에 적용에 매우 효과적으로 사료된다.

Purpose : The role of ghrelin, which promotes the secretion of growth hormone, was not well known until now. Recently it was found that the mutation of ghrelin gene is related to obesity and diabetes. This study is to find the screening method that can easily and effectively detect the polymorphism of Leu72Met in ghrelin gene of obesity patients and apply it to clinical usage. Methods : We compared PCR-RFLP, PCR-SSCP and ARMS methodologies for analyzing of the polymorphism of Leu72Met in ghrelin gene of obesity children, and also studied the merits and demerits of these methodologies. Results : In this study, we were able to find out the band of peculiar allele of Leu72Met in ghrelin gene using PCR-RFLP, PCR-SSCP and ARMS analyses. The polymorphism of Leu72Met in ghrelin gene determined by all above methodologies was in complete agreement. Compared to the PCR-RFLP and PCR-SSCP, ARMS analysis is simple, inexpensive and also consume less time. It is very sensitive to analyze the polymorphism and easy to understand the results of test. Conclusion : Though PCR-RFLP, PCR-SSCP and ARMS analyses were sensitive to analyze the polymorphism of Leu72Met in ghrelin gene, ARMS analysis appears to be more efficient than PCR-RFLP and PCR-SSCP. Therefore, we conclude that ARMS analysis is suitable to analyze the polymorphism of Leu72Met in ghrelin gene for large quantity of specimens.

한국산 초롱꽃과 8속 25분류군과 군외군 2분류군 등 총 27분류군에 대한 계통유연관계를 알아보기 위하여 PCR-RFLP와 ITS 지역의 염기서열 분석을 실시하였다. 엽록체 DNA의 11개 지역을 이용한 PCR-RFLP 분석에서는 증폭된 DNA 각각에 대하여 15가지 제한효소를 처리한 결과 총 244개의 제한효소 절편을 얻었으며, 그 중 59개는 분류군간 차이가 있어 24%의 다형화를 보였다. ITS 지역의 길이는 588-707 bp이었으며, 염기변이는 0-39.36%로 나타났다. 계통 분석 결과, PCR-RFLP와 ITS 지역의 염기서열을 이용한 계통수 모두에서 초롱꽃과는 단계통을 형성하였다. 도라지속과 더덕속은 독립적인 분계조로 유집되었고, 홍노도라지속과 영아자속은 잔대속-금강초롱꽃속을 위한 자매군을 형성하였다. 초롱꽃속도 단계통으로 나타났고, 애기도라 지속은 ITS분석에서는 가장 기부에 분계조를 형성하였지만 PCR-RFLP결과에서는 초롱꽃속과 더덕속-도라지속분계조 사이에 위치하여 차이를 보였다. 금강초롱꽃속은 잔대속과 함께 유집되었으며, 잔대속은 병계원으로 분계조를 형성하여 형태형질에 의한 속내 분류체계와 일치하지 않았다. 본 연구에서 다룬 2가지 자료에 기초한 한국산 초롱꽃과의 계통분석 결과, 속 수준에서는 대부분 일치하는 경향을 보였지만 애기도라지속과 금강초롱꽃속의 계통학적 위치와 잔대속의 속내 분류계급의 유집에서는 차이를 보였다.

Phylogenetic studies were conducted to evaluate the taxonomic relationships among 27 taxa, including 2 outgroups of Korean Campanulaceae, using PCR-RFLP analysis and ITS sequences. In the PCR-RFLP analysis, 15 restriction endonucleases produced 244 restriction sites and size variations from the chloroplast DNA, and 59 restriction sites (24%) showed polymorphism. The length of the ITS regions ranged from 588 bp to 797 bp. The sequence divergence including the outgroups is 0-39.36%. Phylogenetic analyses based on PCR-RFLP and ITS data suggest that Campanulaceae is monophyletic; Codonopsis and Platycodon forms an independent clade; the Peracarpa and Asyneuma clade is a sister to the Adenophora-Hanabusaya clade; Campanula is monophyletic; and Wahlenbergia basally branches within the ITS tree, whereas they are placed between Campanula and the Codonopsis-Platycodon clade in the PCR-RFLP tree; Hanabusaya is placed within the Adenophora clade; and Adenophora is paraphyletic and shows discordance to the infrageneric classifications based on morphological data. The present results show two data sets, largely congruent at the generic level, but their phylogenetic positions, in particular the Wahlenbergia and Hanabusaya and the infrageneric classifications in Adenophora, show some incongruence.

We have utilized the PCR-RFLP method to detect the ryanodine receptor(RYR1) gene mutation and to estimate the genotype frequencies of the RYR1 gene in commercial crossbred pig population. The exon region(659bp) including point mutation(C ${\rightarrow}$T; Arg ${\rightarrow}$Cys) in the porcine ryanodine receptor gene, which is a causal mutation for PSS, was amplified by PCR and digested with Cfo I restriction enzyme. The RYR1 gene was classified into three genotypes by agarose gel electrophoresis. The normal homozygous(NN) individuals showed two DNA fragments consisted of 493 and 166bp. The mutant homozygous(nn) individuals showed only one DNA fragment of 659bp. Also, all three fragments(659, 493 and 166bp) were showed in heterozygous(Nn) carrier animals. The proportions of normal, carrier and PSS pigs within crossbred population of pigs were 81%, 15% and 4%, respectively. According to the results of analysis of variance for the association of genotypes of RYR1 of pigs at 30kg, day age at 90kg and average daily gains, the RYR1 nn genotype was very higher than RYR1 NN genotype for day age at 30kg with 5% level of significant difference, but no significant difference for association of any other genotypes with day age at 90kg and average daily gain in crossbred pigs. Therefore, DNA diagnosis by using PCR-RFLP analysis for the PSS gene was useful for large-scale screening of commercial pigs in the swine industry.

To analyze the genomic diversity of transmissible gastroenteritis virus (TGEV), the N-terminal half of the spike (S) glycoprotein gene and nonstructural protein gene (open reading frames 3 and 3-1) were amplified by reverse transcriptase reaction and polymerase chain reaction (RT-PCR), and analyzed using restriction fragment length polymorphism (RFLP) patterns of the amplified DNA. In this study, TGEV Miller (M6) and Purdue (P115) strains were used as reference strains, and two vaccine strains (MSV and STC3) and four Korea isolates (P44, VRI-WP, VRI-41, and VRI-48) were analyzed. All TGEV strains were amplified with three TGEV primer pairs. Although there was some exception in RFLP analysis, this method differentiated TGEV strains into following groups : Miller group (M6 and MSV), Purdue group (PUS, STC3, P44, VRI-WP, VRI-41, and VRI-48). Using Sau3AI and SspI, VRI-48 was differentiated from the Miller and Purdue type viruses. The RT/PCR in conjuction with RFLP analysis was a rapid and valuable tool for differentiating several strains of TGEV. This study revealed the occurences of distinct difference in genome of TGEV strains.

Field infectious bursal disease viruses (IBDVs) were isolated from IBDV-suspected commercial chickens. The variable region in VP2 gene of six Korean IBDV isolates (K-IBDVs) and IBD vaccines was examined using the reverse transcriptase / polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (RT/PCR-RFLP) assay. With all K-IBDVs and vaccine IBDVs, a 474-bp fragment of the VP2 gene was amplified and tested with various restriction enzymes. Restriction enzymes BstNI and StyI differentiated K-IBDV isolates and IBD vaccines into four groups. Restriction enzyme profiles of K-IBDV isolates were different from them of IBD vaccines. K-IBDV isolates except for 310 isolate had specific SspI and TaqI recognition sites, which were recognized in highly virulent IBDVs, but IBD vaccines had no those sites. This study showed that RT/PCR-RFLP assay was thought to be valuable tool for differentiation of IBDVs and identification of highly virulent IBDV.