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경제동물 분변 균총 연구를 위한 시료 채취 조건의 평가
Evaluating Sampling Condition from Farm Animal for Fecal Microbiome Study
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- 발행기관
- 강원대학교 동물생명과학연구소(구 강원대학교 동물자원공동연구소) 바로가기
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- 간행물
- 동물자원연구 KCI 등재 바로가기
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- 통권
- 제33권 1호 (2022.03)바로가기
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- 페이지
- pp.32-45
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- 저자
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- 언어
- 영어(ENG)
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- URL
- https://www.earticle.net/Article/A411404
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원문정보
초록
- 영어
- When researchers performed intestinal microbiota analysis using fecal samples, sample preparation processes are not standardized as of now. In particular, contrary to lab conditions, there are various factors hard to be controlled when sampling livestock feces on the farm. In this study, we wanted to know the influences of sample preparation conditions on fecal microbiota. We designed an experiment considering various sample preparation conditions (sample origin: rectum and ground; transporting condition: lysis buffer-treated, dry ice, ice, and room temperature; delayed times to extract DNA: 0, 1, 6, and 24 h) that can occur during microbiota analysis using cattle feces. First, we investigated the influences of sample origin, and microbial diversity (observed OTUs, p<0.001) was significantly higher when fecal samples were obtained from the ground than from the rectum and the principal coordinates analysis plot showed that samples were divided into two groups by origin. When we investigated the influences of transporting and storage conditions, observed OTUs (p<0.05) was significantly higher when samples were transported at room temperature than other conditions, and microbiota was affected by transporting and storage conditions. Finally, we investigated the effects of delayed time before DNA extraction from frozen fecal samples on microbial composition. Although this factor did not have a significant influence on microbial diversity, multidimensional scaling revealed its impact on microbial composition. Our findings will contribute to establishing an optimal procedure for microbiota analysis using farm-housing livestock feces.
목차
ABSTRACT
Ⅰ. INTRODUCTION
Ⅱ. MATERIALS AND METHODS
1. Sample preparation
2. DNA extraction and sequencing
3. Microbiota analysis
4. Statistical analyses
Ⅲ. RESULTS
1. Effects of sample origin on fecal microbiota
2. Effects of transporting method and storage condition on fecal microbiota
3. Effects of delayed time before DNA extraction from frozen samples on microbial composition
Ⅳ. DISCUSSION
Conflict of interest
ACKNOWLEDGEMENTS
Author’s Contributions
Ethics approval and consent to participate
Ⅴ. REFERENCES
키워드
Fecal microbiota 16S rRNA gene sequencing Sample preparation condition Sample origin Transportation condition Delayed time before DNA extraction저자
간행물 정보
발행기관
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- 발행기관명
- 강원대학교 동물생명과학연구소(구 강원대학교 동물자원공동연구소) [Institute of Animal Life Science Kangwon National University]
- 설립연도
- 1999
- 분야
- 농수해양>축산학
- 소개
- 1970년 3월에 설립된 본 연구소는 국내외 동물자원에 관한 기초 및 응용연구를 통하여 축산업 발전을 선도하고 산학협동 체제를 강화하여 지역사회 발전에 기여함은 물론 통일에 대비한 북한 동물자원에 관한 연구를 체계적으로 수행하기 위함을 근본 목적으로 하고 있다. 본 연구소는 다변화, 과학화된 동물자원 분야에서 이론과 실제를 결부하는 연구활동 뿐만 아니라 학술 및 산학협동 활동 등을 인정받아 1991년에 교육부로부터 법정 연구소로 지정되었으며 1996년에는 이공계 첨단기자재 지원대상 연구소, 한우특성화대학 연구소로 지정되었고 1999년에는 학술진흥재단 대학 부설 중점연구소로 지정되었다. 이러한 지원과 국내외 동물자원 분야의 과학적 정립 및 연구, 발전이라는 고유한 목적 하에서 현재 국제적으로 축산업분야 중 심각한 문제를 가지고 있는 전염성 질병 및 그 대책 마련 등의 연구를 통해 현장애로 및 문제점을 해결하고, 실용적 축산 분뇨처리 방법 개발 및 새로운 축산물 가공품 개발과 유전공학 기법을 이용한 새로운 동물의 작출, 유전적 능력이 우수한 개체의 생산과 육종, 새로운 사료자원의 개발 등의 분야에서 세계적으로 선도적인 연구를 수행하고 있으며 관련분야에서 인정받는 국제적인 연구소로 발전하기 위해 노력을 기울이고 있다.
간행물
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- 간행물명
- 동물자원연구 [Annals of Animal Resources Sciences]
- 간기
- 계간
- pISSN
- 1225-2964
- eISSN
- 2287-3317
- 수록기간
- 1999~2026
- 등재여부
- KCI 등재
- 십진분류
- KDC 527 DDC 636
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