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Poster Session Ⅲ : 유전육종

De Novo Genome Assembly of Isaria farinosa and Its Secondary Metabolite Biosynthetic Genes

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  • 발행기관
    한국버섯학회 바로가기
  • 간행물
    버섯 바로가기
  • 통권
    제20권 2호 통권 34호 (2016.10)바로가기
  • 페이지
    pp.267-267
  • 저자
    Min-Woo Hyun, So-Jin Yeob, Hye-Sung Park, Jae-Han Cho, Kang-Hyo Lee, Jae-Gu Han
  • 언어
    영어(ENG)
  • URL
    https://www.earticle.net/Article/A289471

원문정보

초록

영어
Isaria farinosa (Hypocreales, Ascomycota) is a cosmopolitan entomopathogenic fungus affecting a wide range of arthropod hosts. It has mainly been studied as a insecticidal agent to control the agricultural pests. To investigate the useful secondary metabolite(SM) genes in Isaria farinosa C1012 strain, de novo assembly and genome mining were carried out. A whole genome sequencing with PacBio RSII system generated NGS reads greater than 4Gb, which were assembled into 16 contigs using FALCON program. The total size of genome was 33.36Mb. The N50 and N90 were 6,686,213 and 1,912,865bp, respectively. The assembled genome data was analyzed with antiSMASH3 program with a default setting to localize the gene region responsible for synthesizing SMs, such as non-ribosomal peptide synthetases (NRPS) and polyketide synthase (PKS). In this study, we predicted 16 NRPS, 13 PKS, and 9 PKS-NRPS hybrid gene clusters in I. farinosa genome.

저자

  • Min-Woo Hyun [ Mushroom Research Division, National Institute of Horticultural and Herbal Science, Rural Development Administration, Eumseong 27709, Republic of Korea ]
  • So-Jin Yeob [ Mushroom Research Division, National Institute of Horticultural and Herbal Science, Rural Development Administration, Eumseong 27709, Republic of Korea ]
  • Hye-Sung Park [ Mushroom Research Division, National Institute of Horticultural and Herbal Science, Rural Development Administration, Eumseong 27709, Republic of Korea ]
  • Jae-Han Cho [ Mushroom Research Division, National Institute of Horticultural and Herbal Science, Rural Development Administration, Eumseong 27709, Republic of Korea ]
  • Kang-Hyo Lee [ Mushroom Research Division, National Institute of Horticultural and Herbal Science, Rural Development Administration, Eumseong 27709, Republic of Korea ]
  • Jae-Gu Han [ Mushroom Research Division, National Institute of Horticultural and Herbal Science, Rural Development Administration, Eumseong 27709, Republic of Korea ]

참고문헌

자료제공 : 네이버학술정보

간행물 정보

발행기관

  • 발행기관명
    한국버섯학회 [The Korean Society of Mushroom Science]
  • 설립연도
    1997
  • 분야
    농수해양>농학
  • 소개
    우리나라의 버섯 연구와 관련 산업의 발전에 기여하고 버섯관련 연구자와 관련산업 종사자간의 학술정보 등의 교류를 목적으로 한다.

간행물

  • 간행물명
    버섯 [Mushroom]
  • 간기
    반년간
  • 수록기간
    1997~2025
  • 십진분류
    KDC 525 DDC 635

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