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MTGCFinder : A Web Tools for Mining MicroRNA Target Genes Clusers on Chromosome

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  • 발행기관
    보안공학연구지원센터(IJUNESST) 바로가기
  • 간행물
    International Journal of u- and e- Service, Science and Technology 바로가기
  • 통권
    Vol.9 No.4 (2016.04)바로가기
  • 페이지
    pp.195-202
  • 저자
    Xingfeng Lv
  • 언어
    영어(ENG)
  • URL
    https://www.earticle.net/Article/A273320

※ 원문제공기관과의 협약기간이 종료되어 열람이 제한될 수 있습니다.

원문정보

초록

영어
The research of the chromosomal positions enrichment of genes is a method widely used to characterize a set of genes. Several software tools are now available for this analysis, such as GSEA, CROC, ChromoScan. So far, however, there is still no suitable tool for detecting enriched microRNA-regulated target genes sets on chromosomes. Here, for the first time, we have developed MTGCFinder, an online tool for mining microRNA-regulated target genes clusters on chromosome. The sliding window algorithm is provided to mine the target genes clusters on chromosome segments, and according to the needs of the specific issues, users can set the window size themselves. At the same time, it also provides a search for the enrichment of all microRNA-regulated target genes on chromosomes/regions in number of species. In order to further study the relationship between microRNA and human cancer, MTGCFinder also provides the function for mining cancer-related microRNA target genes clusters on chromosome regions, which is helpful for the study of human cancer.

목차

Abstract
 1. Background
 2. Material and Methods
  2.1. Material
  2.2. Methods
 3. Database Design and Platform Implementation
  3.1. Requirement Analysis
  3.2. Data Processing
  3.3. Database Design
  3.4. Platform Implementation
 4. Functions of MTGCFinder
 5. Conclusions
 Acknowledgments
 References

키워드

microRNA enrichment on chromosomes hypergeometric distribution test sliding window

저자

  • Xingfeng Lv [ College of computer science and technology, Heilongjiang University, Harbin, Heilongjiang, P.R. China, 150080. ]

참고문헌

자료제공 : 네이버학술정보

간행물 정보

발행기관

  • 발행기관명
    보안공학연구지원센터(IJUNESST) [Science & Engineering Research Support Center, Republic of Korea(IJUNESST)]
  • 설립연도
    2006
  • 분야
    공학>컴퓨터학
  • 소개
    1. 보안공학에 대한 각종 조사 및 연구 2. 보안공학에 대한 응용기술 연구 및 발표 3. 보안공학에 관한 각종 학술 발표회 및 전시회 개최 4. 보안공학 기술의 상호 협조 및 정보교환 5. 보안공학에 관한 표준화 사업 및 규격의 제정 6. 보안공학에 관한 산학연 협동의 증진 7. 국제적 학술 교류 및 기술 협력 8. 보안공학에 관한 논문지 발간 9. 기타 본 회 목적 달성에 필요한 사업

간행물

  • 간행물명
    International Journal of u- and e- Service, Science and Technology
  • 간기
    격월간
  • pISSN
    2005-4246
  • 수록기간
    2008~2016
  • 십진분류
    KDC 505 DDC 605

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