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A Review of Software for Predicting Gene Function

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  • 발행기관
    보안공학연구지원센터(IJBSBT) 바로가기
  • 간행물
    International Journal of Bio-Science and Bio-Technology SCOPUS 바로가기
  • 통권
    Vol.7 No.2 (2015.04)바로가기
  • 페이지
    pp.57-70
  • 저자
    Swee Kuan Loha, Swee Thing Low, Mohd Saberi Mohamad, Safaai Deris, Shahreen Kasim, Choon Yee Wen, Zuwairie Ibrahim, Bambang Susilo, Yusuf Hendrawan, Agustin Krisna Wardani
  • 언어
    일본어(JPN)
  • URL
    https://www.earticle.net/Article/A245116

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원문정보

초록

영어
A rich resource of information on functional genomics data can be applied to annotating the thousands of unknown gene functions that can be retrieved from most sequenced. High-throughput sequencing can lead to increased understanding of proteins and genes. We can infer networks of functional couplings from direct and indirect interactions. The development of gene function prediction is one of the major recent advances in the bioinformatics fields. These methods explore genomic context by major recent advances in the bioinformatics fields rather than by sequence alignment. This paper reviews software related to predicting gene function. Most of these programs are freely available online. The advantages and disadvantages of each program are stated clearly in order for the reader to understand them in a simple way. Web links to the software are provided as well.

목차

Abstract
 1. Introduction
 2. Gene Function Prediction Tools
  2.1. SNAPper
  2.2. Funcassociate
  2.3. OntoBlast
  2.4. GAIN
  2.5. GeneFAS
  2.6. GFINDer
  2.7. GOToolBox
  2.8. Blast2GO
  2.9. Biopixie
  2.10. GeneMark
  2.11. Phydbac “Gene Function Predictor”
  2.12. VIRGO
  2.13. GOBlast
  2.14. SynFPS
  2.15. ChemGenome
  2.16. HCGene
  2.17. Prosecutor
  2.18. GeneMANIA
  2.19. Go-At
  2.20. PANTHER 7
  2.21. PhyloProf
  2.22. PlasmoPredict
  2.23. AraNet
  2.24. Eukaryotic GeneMark
  2.25. Argot2
  2.26. FunCoup
 3. Discussion
 4. Conclusion
 Acknowledgements
 Conflict of Interest
 References

키워드

Gene Function Artificial Intelligence Bioinformatics Cancer Functional Genomics

저자

  • Swee Kuan Loha [ Artificial Intelligence and Bioinformatics Research Group, Faculty of Computing, Universiti Teknologi Malaysia,81310, Skudai, Johor, Malaysia. ]
  • Swee Thing Low [ Artificial Intelligence and Bioinformatics Research Group, Faculty of Computing, Universiti Teknologi Malaysia,81310, Skudai, Johor, Malaysia. ]
  • Mohd Saberi Mohamad [ Artificial Intelligence and Bioinformatics Research Group, Faculty of Computing, Universiti Teknologi Malaysia,81310, Skudai, Johor, Malaysia. ] Corresponding author
  • Safaai Deris [ Artificial Intelligence and Bioinformatics Research Group, Faculty of Computing, Universiti Teknologi Malaysia,81310, Skudai, Johor, Malaysia. ]
  • Shahreen Kasim [ Faculty of Computer Science and Information Technology, Web Technology Department, Universiti Tun Hussein Onn, 86400, Parit Raja, Batu Pahat, Johor, Malaysia. ]
  • Choon Yee Wen [ Artificial Intelligence and Bioinformatics Research Group, Faculty of Computing, Universiti Teknologi Malaysia,81310, Skudai, Johor, Malaysia. ]
  • Zuwairie Ibrahim [ Faculty of Electrical and Electronics Engineering, Universiti Malaysia Pahang, 26600 Pekan, Pahang, Malaysia. ]
  • Bambang Susilo [ Faculty of Agricultural Technology, University of Brawijaya, Jl. Veteran Malang, ZIP 65145, Indonesia. ]
  • Yusuf Hendrawan [ Faculty of Agricultural Technology, University of Brawijaya, Jl. Veteran Malang, ZIP 65145, Indonesia. ]
  • Agustin Krisna Wardani [ Faculty of Agricultural Technology, University of Brawijaya, Jl. Veteran Malang, ZIP 65145, Indonesia. ]

참고문헌

자료제공 : 네이버학술정보

간행물 정보

발행기관

  • 발행기관명
    보안공학연구지원센터(IJBSBT) [Science & Engineering Research Support Center, Republic of Korea(IJBSBT)]
  • 설립연도
    2006
  • 분야
    공학>컴퓨터학
  • 소개
    1. 보안공학에 대한 각종 조사 및 연구 2. 보안공학에 대한 응용기술 연구 및 발표 3. 보안공학에 관한 각종 학술 발표회 및 전시회 개최 4. 보안공학 기술의 상호 협조 및 정보교환 5. 보안공학에 관한 표준화 사업 및 규격의 제정 6. 보안공학에 관한 산학연 협동의 증진 7. 국제적 학술 교류 및 기술 협력 8. 보안공학에 관한 논문지 발간 9. 기타 본 회 목적 달성에 필요한 사업

간행물

  • 간행물명
    International Journal of Bio-Science and Bio-Technology
  • 간기
    격월간
  • pISSN
    2233-7849
  • 수록기간
    2009~2016
  • 등재여부
    SCOPUS
  • 십진분류
    KDC 505 DDC 605

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