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De Novo Assembly and Characterization of the Transcriptome and Molecular Discovery in Capsicum Annuum L. R597

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  • 발행기관
    보안공학연구지원센터(IJCA) 바로가기
  • 간행물
    International Journal of Control and Automation SCOPUS 바로가기
  • 통권
    Vol.8 No.2 (2015.02)바로가기
  • 페이지
    pp.105-116
  • 저자
    Xiaowan Xu, Tao Li, Ying Li, Hengming Wang, Xiaomei Xu
  • 언어
    영어(ENG)
  • URL
    https://www.earticle.net/Article/A241829

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원문정보

초록

영어
Pepper (Capsicum spp.) is one of the most economically and agriculturally important vegetable crops on the globe. However, the genomic resources of Pepper (Capsicum spp.) were scarcity, and only a few nucleotide sequences could be obtained in public databases. In this study, we examined transcriptome in C.annuum R597. More than 66million of high quality reads were generated using Illumina paired-end sequencing technology. Approximately 6 Gbp of data were generated, and de novo assembled into 96, 340 unigenes, with an N50 of 989 bp. The average length of unigenes was 651 bp. Based on sequence similarity search with known protein database, 51, 053 (53.0%) showed significant similarity to know proteins in Nr database, and 33, 766 (35.0%) had BLAST hits in Swiss-Prot database. Among the annotated unigenes, 26, 050 of C.annuum R597 unigenes were assigned to GO term annotation, and 28, 428 were found to have COG classification. In addition, a total of 14, 279 unigenes were assigned to 270 KEGG pathways. Moreover, a total 5, 960 SNPs, 5, 426 SSRs, and 2, 199 InDels were detected as potential molecular markers in pepper. Our study enriches the genomic resources of Pepper (Capsicum spp.) and provides powerful information for future studies. The availability of this ample amount of information about the transcriptome and SSRs, SNPs and InDels in pepper could server as valuable for studies on the agronomic traits and identification of molecular mechanism such plant resistance.

목차

Abstract
 Introduction
 Materials and Methods
  Plant Material and RNA Extraction
  CDNA Library Preparation and Sequencing
  De Novo Assembly and Gene Annotation of Illumina Reads
  Profiles of Molecular Markers
 Results
  Illumina Sequencing and de novo Assembly
  Annotation of Predicted Proteins
  Gene Ontology (GO) Annotation
  COG Annotation
  Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) Pathway Mapping
  Molecular Markers Discovery
 Discussion
 Conclusion
 Acknowledgments
 Reference

키워드

Capsicum annuum Transcriptome analysis Molecular marker discovery

저자

  • Xiaowan Xu [ Vegetable Research Institute, Guangdong Academy of Agricultural Science, Guangzhou, China ]
  • Tao Li [ Vegetable Research Institute, Guangdong Academy of Agricultural Science, Guangzhou, China ]
  • Ying Li [ Vegetable Research Institute, Guangdong Academy of Agricultural Science, Guangzhou, China ]
  • Hengming Wang [ Vegetable Research Institute, Guangdong Academy of Agricultural Science, Guangzhou, China ]
  • Xiaomei Xu [ Vegetable Research Institute, Guangdong Academy of Agricultural Science, Guangzhou, China ]

참고문헌

자료제공 : 네이버학술정보

간행물 정보

발행기관

  • 발행기관명
    보안공학연구지원센터(IJCA) [Science & Engineering Research Support Center, Republic of Korea(IJCA)]
  • 설립연도
    2006
  • 분야
    공학>컴퓨터학
  • 소개
    1. 보안공학에 대한 각종 조사 및 연구 2. 보안공학에 대한 응용기술 연구 및 발표 3. 보안공학에 관한 각종 학술 발표회 및 전시회 개최 4. 보안공학 기술의 상호 협조 및 정보교환 5. 보안공학에 관한 표준화 사업 및 규격의 제정 6. 보안공학에 관한 산학연 협동의 증진 7. 국제적 학술 교류 및 기술 협력 8. 보안공학에 관한 논문지 발간 9. 기타 본 회 목적 달성에 필요한 사업

간행물

  • 간행물명
    International Journal of Control and Automation
  • 간기
    월간
  • pISSN
    2005-4297
  • 수록기간
    2008~2016
  • 십진분류
    KDC 505 DDC 605

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