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연구논문

생물정보학적 접근을 통한 Caenorhabditis elegans 모델시스템의 생체내 RNAi 기능예측 및 비특이적 공동발현억제 현상 분석
Bioinformatics Approach to Direct Target Prediction for RNAi Function and Non-specific Cosuppression in Caenorhabditis elegans

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  • 발행기관
    한국생물공학회 바로가기
  • 간행물
    KSBB Journal KCI 등재 바로가기
  • 통권
    제26권 제2호 (2011.04)바로가기
  • 페이지
    pp.131-138
  • 저자
    김태호, 김의용, 주현
  • 언어
    한국어(KOR)
  • URL
    https://www.earticle.net/Article/A143558

※ 원문제공기관과의 협약기간이 종료되어 열람이 제한될 수 있습니다.

원문정보

초록

영어
Some computational approaches are needed for clarifying RNAi sequences, because it takes much time and endeavor that almost of RNAi sequences are verified by experimental data. Incorrectness of RNAi mechanism and other unaware factors in organism system are frequently faced with questions regarding potential use of RNAi as therapeutic applications. Our massive parallelized pair alignment scoring between dsRNA in Genebank and expressed sequence tags (ESTs) in Caenorhabditis elegans Genome Sequencing Projects revealed that this provides a useful tool for the prediction of RNAi induced cosuppression details for practical use. This pair alignment scoring method using high performance computing exhibited some possibility that numerous unwanted gene silencing and cosuppression exist even at high matching scores each other. The classifying the relative higher matching score of them based on GO (Gene Ontology) system could present mapping dsRNA of C. elegans and functional roles in an applied system. Our prediction also exhibited that more than 78% of the predicted co-suppressible genes are located in the ribosomal spot of C. elegans.

목차

Abstract
 1. 서론
 2. 재료 및 방법
  2.1. 다중서열정렬 연산도구를 이용한 RNAi 표적서열 검색
  2.2. 고속 대용량 연산 클러스터 구축
  2.3. dsRNA 서열과 발현단편 라이브러리
  2.4. 연산 매개변수 추정 및 쌍정렬 점수 획득
 3. 결과 및 고찰
 4. 결론
 References

키워드

RNA interference (RNAi) Expressed Sequence Tag (EST) in silico Biology Multiple Sequence Alignment Cosuppression dsRNA Caenorhabditis elegans

저자

  • 김태호 [ Taeho Kim | 일본 오사카대학교 WPI 면역선도연구센터 ]
  • 김의용 [ Euiyong Kim | 인제의대 생리학교실 ]
  • 주현 [ Hyun Joo | 인제의대 생리학교실 ]

참고문헌

자료제공 : 네이버학술정보

간행물 정보

발행기관

  • 발행기관명
    한국생물공학회 [The Korean Society for Biotechnology and Bioengineering]
  • 설립연도
    1984
  • 분야
    공학>생물공학
  • 소개
    이 법인은 생물 공학의 발전과 보급에 이바지하고, 회원 상호 간의 연구 협력과 친목을 도모함을 목적으로 한다 1. 생물공학 분야의 발전을 위한 연구 협력 2. 생물공학의 실용화를 촉진시키기 위한 산학 협동 3. 학술연구 발표회, 강연회, 연수회 등 학술활동의 개최 4. 국,영문 학술지,소식지,학술회의 Proceedings 및 학술도서의 발간 5. 생물공학 발전을 위한 정책 건의 6. 기타 국제 교류 등 본 학회의 목적 달성을 위한 제반 활동

간행물

  • 간행물명
    KSBB Journal
  • 간기
    격월간
  • pISSN
    1225-7117
  • 수록기간
    2009~2013
  • 십진분류
    KDC 476 DDC 576

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