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MC1R 유전자의 유전자형과 칡소의 모색 발현 및 비경색 분포에 관한 연구
[NRF 연계] 한국축산학회 한국축산학회지 Vol.54 No.4 2012.08 pp.255-265
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본 연구는 PCR-RFLP 기법으로 칡소의 모색 발현에 관련된 MC1R 유전자형을 분석하고, 칡소 유전자형에 따른 모색 발현 양상을 가계와 교배조합을 통하여 연구함으로써 칡소에서 호반모의 발현 비율을 증가시키는 번식 체계를 확립하고자 수행하였다. 전라북도축산위생연구소에서 사육중인 칡소 중에서 부계 또는 모계를 알고 있는 가계가 형성된 칡소로부터 혈액 또는 정자에서 genomic DNA를 추출한 후 MC1R 유전자를 증폭하였다. 증폭된 PCR product를 MspI 제한효소로 절단하고 전기영동한 후 칡소 개체별 유전자형을 확인하였고, 이 외에도 칡소의 모색 양상과 비경의 흑색침착 정도에 따른 모색 발현 비율을 조사하여 다음과 같은 결론을 얻었다. 칡소의 모색 발현 양상은 전신호반모가 61.67%로 가장 높았고 흑모는 5.00%로 가장 낮았으며 황모는 16.67%, 부분(약반신)과 부분(일부) 호반모는 각각 8.33%로 같은 분포 양상을 보였다. 칡소의 비경 침착 양상은 3단계와 4단계가 비슷한 비율로 높았고, 다음이 2단계, 5단계, 1단계의 순이었다. 칡소의 비경에 따른 모색 발현 양상은 비경 침착이 3단계와 4단계인 칡소에서는 전신호반모의 비율이 다른 모색 보다 높았고, 비경 침착이 1단계인 칡소는 그 중에서 황모가 80.00%(4/5)로 나타났으며, 비경 침착이 5 단계인 칡소에서는 다른 단계에서 발현되지 않았던 흑모의 비율이 37.50%를 나타냈다. 칡소에는 E+E+, E+e, ee 유전자형과 한우에는 ee, E+e 유전자형이 존재하였다. 칡소 MC1R 유전자형은 E+e 이 65.00%로 가장 높았고 E+E+은 33.33%이었고 ee도 1두로 1.67%이었다. 유전자형에 따른 모색 발현 양상을 보면, E+E+과 E+e에서는 전신 호반모의 비율이 가장 높게 나타났고 ee는 황모를 나타냈다. 칡소의 가계 분석을 통한 모색 발현 양상을 조사한 결과, 부(Sire)의 유전자형이 E+e 이고 모(Dam)의 유전자형이 E+E+ 이면서 부모의 모색이 모두 전신호반모일 경우 자손의 모색은 100.00% 전신호반모였고, 부(Sire)의 유전자형이 E+E+ 이고 모(Dam)의 유전자형이 E+e 이면서 부모의 모색이 모두 전신호반모일 경우도 자손에서 모색의 44.44%가 호반모의 비율을 보여 두 가지의 교배조합의 경우가 자손의 전신호반모 비율을 높이는 최적의 교배 조합으로 보여진다. 이 연구의 결과를 이용하여 칡소로 판정받을 수 있는 가장 중요한 요소인 호반모의 발현비율을 증가시키는 번식 체계를 칡소 사육농가에 제시할 수 있을 것으로 사료된다.
The objectives of this study were to investigate MC1R genotype, coat color, and muzzle phenotype variationsin the Korean native brindle cattle(KNBC) maintaining family lines and to establish the mating system for increased brindle coat color appearance. KNBC with genotype and phenotype records were selected as experimental animals. The relationship between melanocortin 1 receptor(MC1R) genotypes, verified by PCR-RFLP, and brindle coat color appearance was determined. Fragments of the MC1R gene amplified by PCR were digested with MspI and RFLP was determined. KNBC had E+E+, E+e, and ee genotypes. The E+e genotype was most common with 65%, compared to E+E+(33.33%), or ee(1.67%). When the sire had E+e genotype and the dam had E+E+ genotype, and both of them had the whole body-brindle coat color, all of their offspring(4/4) had whole body-brindle coat color. When the sire had E+E+ genotype and the dam had E+e genotype, and both had whole body-brindle coat color, 44.44%(4/9) of the offspring had whole body-brindle coat color. The mating between the sires and dams with these two genotypes with whole body-brindle coat color may have the highest whole body-brindle coat color appearance in their offspring. Muzzle grades 3 or 4 were more common than other muzzle grades. This is the first report indicating the segregation of MC1R genotypes and the inheritance of coat color through family lines in KNBC. The mating system proposed from this study may increase the possibility of brindle coat color appearance in KNBC.
[NRF 연계] 한국축산학회 한국축산학회지 Vol.51 No.3 2009.06 pp.193-200
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본 연구는 한국재래돼지의 MC1R 유전자형을 결정하고 MC1R 유전자의 변이와 육질과의 연관성을 규명하기 위하여 실시하였다. 재래돼지의 MC1R 유전자형을 분석한 결과 중국재래돼지품종이 속하는 ED1 내에서도 0201형에 속하는 것으로 나타났으며 몇몇의 재래돼지에서는 EP 유전자형이 출현하였는데 이는 Berkshire 품종의 혼입으로 인한 것으로 사료된다. 흑색의 모색과 관련되어 있다고 보고된 Leu102Pro(T1132C) 변이를 재래돼지와 Yorkshire의 양방향 교배로 생산된 F2 집단의 171 두를 대상으로 분석하고 육질형질과의 연관성을 분석하였다. 모든 육질형질에 대하여 유의적인 효과를 나타내지 않았으며 이로써 돼지의 흑색모색과 육질과는 연관성이 없으며 다른 육질관련 유전자에 의해 영향을 받는다는 근거를 제공하였다. 또한 Duroc 품종에서 AA으로 고정되어 있어 다른 품종과의 구분 기준이 되는 Ala243Thr(G1554A) 변이를 이용하여 종돈검정소에서 출하된 Landrace, Yorkshire, Duroc, Berkshire 순종집단에 대한 유전자형 빈도를 조사하였으며 Berkshire를 제외한 나머지 품종에서 이형접합체가 일부 출현하였다.
The pork from black-coated pigs is famous among-consumers for better eating quality. The loci affecting black coat color was identified in pig chromosome 6 in which several genetic effects on pork quality have been reported. The melanocortin 1 receptor(MC1R) gene is a major gene which plays a key role in regulation of eumelanin(black/brown) and phaeomelanin (red/yellow). In this study, the MC1R gene polymorphism was analyzed for pig breed determination and genetic association with pork quality traits. MC1R Ala243Thr variation was analyzed to determine a specific genotype for four commercial pig breeds(Landrace, Yorkshire, Berkshire and, Duroc) and a Korean native pigs(KNP). Then we developed original KNP-specific DNA markers to determine the pork from black-coated pigs using MC1R DNA sequences. The total length of the MC1R coding sequence ranged 1451bp in KNP. KNP had the 0201 allele pertaining to ED1 but some of the KNP had the EP allele, probably reflecting the geneticintrogression of EPallele into KNP. Furthermore, a relationship between Leu102Pro single nucleotide polymorphism(SNP) genotype and pork quality phenotype were analyzed in F2 reciprocal-crossbred population between KNP and Yorkshire. Association analysis indicated that the allele of the MC1R gene has no effect on pork quality. These results suggest that black coat-color is not directly associated with preferred pork quality, but the black-coat color pig breed may have other genetic components for superior pork quality.
소 MC1R 우성흑모색 대립인자를 구분하는 변형 프라이머를 이용한 소 품종들의 유전자형 분포 분석
[NRF 연계] 한국축산학회 한국축산학회지 Vol.50 No.5 2008.10 pp.633-640
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With a double mismatch primer set designed for amplifying the modified DNA sequence fragments, bovine melanocortin-1 receptor(MC1R) gene encoded in Extension locus which plays a critical role in coat color development was analyzed using polymerase chain reaction mediated restriction fragment length polymorphism(PCR-RFLP). Amplified PCR fragments were successfully discriminated with combining the MspI- and AluI-RFLP into three major alleles(ED, E+, and e), directly related to bovine coat color phenotypes. The genotyping results showed that Jeju black cattle contained three MC1R alleles, but yellowish-red colored Hanwoo and bridle colored Korean Brindle cattle did not contained the dominant black allele ED. However, two dominant black-colored cattle breeds, Holstein and Angus, contained the ED allele over 96% in frequency. Hanwoo×Holstein F1 and Hanwoo×Angus F1 crossbred calves showed ED/e MC1R genotypes, and uniformly black coat color. the results suggested that this MC1R genotyping method be useful in allele discrimination for bovine MC1R gene which used for breed classification and characterization, as one of the important genetic markers, using combination of MspI- and AluI-RFLP for modified PCR product amplified with a newly designed double mismatch primer set.
돼지 MC4R 유전자 892G>A 다형성이 비육돈의 도체형질에 미치는 영향
[NRF 연계] 한국축산학회 한국축산학회지 Vol.49 No.5 2007.10 pp.569-576
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임의적으로 선정된 비육돈 집단에서 melano- cortin-4 receptor(MC4R) 유전자의 유전적 변이와 도체형질의 연관성을 조사하였다. 돼지 MC4R 유전자형은 Asp298Asn(nt. 892G>A) 돌연변이를 PCR-RFLP 방법으로 결정하였다. 비육돈 집단에서 유전자형 A/A, A/G, G/G가 모두 출현하였고, 빈도는 각각 28.8, 48.4, 22.8%를 나타내었다. 전체 비육돈에서 유전자형 A/-은 G/G에 비해 근내지방도가 유의적으로 높게 나타났다(P<0.05). 동형접합자 A/A와 G/G가 이형접합자 A/G인 도체에 비해 육색도는 더 낮고 수분삼출도는 높은 것으로 확인되었다(P<0.01). 반면, -/G인 거세돈의 도체중이 A/A에 비해 도체중이 유의적으로 무겁게(약 2.5kg) 나타났다(P<0.05). 각 유전자형의 도체형질에 대한 효과는 미경산돈에서는 전체 비육돈 집단에 대한 효과와 유사하나, 거세돈 집단과는 다소 차이가 있었고, 이는 도체형질에 대한 현재까지 알려지지 않은 성-관련 효과로 추정된다. 본 연구에서 비육돈 생산에 있어 MC4R A/- 유전자형이 육질을 향상시킬 수 있을 것으로 기대된다. 하지만, MC4R 유전자형들이 성과 관련되어 차별적으로 도체형질에 영향을 주고 있기 때문에, 비육돈 생산을 위한 marker-assisted selection을 위해서는 성과 유전자형 모두가 고려되어져야 할 것이다.
receptor(MC4R) gene and carcass traits was examined in randomly selected commercial pigs. A porcine MC4R gene was genotyped for Asp298Asn(nt. 892G>A) by polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism(PCR-RFLP). A total of three genotypes, A/A, A/G, and G/G, were found with 28.8, 22.8, and 48.4% frequencies, respectively. In the whole population, pigs containing 892A/- showed significantly higher marbling score than those of homozygotes G/G(P<0.05). Two homozygotes, A/A and G/G showed lower in meat color score but higher in water holding capacity than those of heterozygotes A/G(P<0.01). However, the carcass weight of the barrows containing wild type -/G was significantly higher(i.e. more than 2.5kg) than those of homozygotes A/A(P<0.05). The effects of each genotype on carcass traits in the gilts were similar to those of the whole population, but not in barrows, suggesting an unknown sex-related effect on carcass traits. This study suggested that the genotype MC4R A/- could improve the meat quality in the commercial pig production. However, since the genetic polymorphism of MC4R gene differentially affected the carcass traits in sex-related manner, therefore, both parameters, the sex and genotype, should be considered for marker-assisted selection in commercial pig production.
제주마의 기본모색과 MC1R과 ASIP 유전자형 조합의 상관관계
[NRF 연계] 한국축산학회 한국축산학회지 Vol.53 No.2 2011.04 pp.107-111
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This study was undertaken to reveal the relationship between genetic variations and the basic coat color classification system in Jeju horses. Genetic variations of the melanocortinreceptor 1(MC1R) and agouti signaling protein(ASIP) genes were investigated using pyrosequencing technique. A nucleotide substitution mutation for MC1R g.901C>T and an ASIP 11-bp deletion mutation were screened. Black horses had MC1R E^+/- (E^+/E^+ or E^+/E^e) and ASIP A^a/A^a genotypes. In contrast, chestnut horse genotypes were MC1R E^e/E^e and ASIP -/-. Thus, black and bay horses have at least one dominant MC1R allele, E^+, whereas chestnut horses have homozygous recessive alleles E^e/E^e. This suggests that the MC1R genotypes determine chestnut or black/bay coat color, regardless of the genotype distribution of ASIP. In addition, the horses with MC1R E^+/- and a dominant ASIP A^A/- allele showed bay coat color, but not black, suggesting that the ASIP A^A allele represses black coat color development in the hairs of the body, but not in the mane and all four legs. Pedigree analysis showed a consistent relationship between the genotype distribution of the MC1R and ASIP genes and basic coat color patterns, even in the F_1 progeny. The results of this study revealed the relationship between the coat color phenotype and genetic background and suggested that useful information may be provided for molecular breeding of Jeju horses.
소 모색관련 MC1R 유전자의 SNP와 관련한 3'-tailed primer를 이용한 한우육의 판별
[NRF 연계] 한국축산학회 한국축산학회지 Vol.46 No.6 2004.12 pp.897-902
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이전에 연구된 한우육과 Holstein 및 Black angus육 감별법의 신속성, 편리성, 경제성 등의 단점을 보완하기 위해 소의 MC1R gene의 SNP를 이용한 새로운 감별법을 시도하였다.본 연구에서는 소의 MC1R gene 중 594번째 염기인 Guanine이 한우에서는 결실된 점을 이용하여 한우의 sequence를 바탕으로 3'쪽에 2mers의 tail을 달아 한우에게는 상보적이나 다른 종에서는 상보적이지 않은 3'-tailed primers를 제작하였다. 이 primer들을 이용해서 한우에서만 MC1R 중 571번째 염기서열부터 919번째 염기서열까지의 343bp의 단편이 증폭되도록 하였다. 그 결과, Holstein, Black angus에서는 모두 band가 관찰되지 않았으나 한우에서는 343bp의 band가 확인되었다. 따라서 본 연구에서 사용한 3'-tailed primer를 이용하면 보다 정확하고 재현성 있으며 신속하고 편리하며 경제적인 한우육의 감별이 될 것으로 판단된다.
To improve the methods used for the identification of Hanwoo, we performed a PCR using 3’-tailed primer associated with single nucleotide polymorphism(SNP) in Melanocortin 1 receptor(MC1R) gene. MC1R plays an important role in melanin synthesis and the SNP within MC1R was used as a target for PCR- RFLP studies previously. A forward 3’-tailed primer, which matches with the template DNA of Hanwoo but not with others(black- haired; Holstein and Black angus) at the site of 594th base sequence, and one reverse primer were designed for this study. When use this primer set, a size of 343bp was amplified by PCR only in Hanwoo, not in Holstein and Black angus. This result suggests that the PCR using our 3'-tailed primer would be very accurate, easy, reproducible and economic method to discriminate between Hanwoo meat and other black-haired ones.
랜드레이스, 대요크셔, 듀록 및 제주 흑돈의 Melanocortin 1Receptor(MC1R) 유전자의 유전자형 분석
[NRF 연계] 한국축산학회 한국축산학회지 Vol.44 No.2 2002.04 pp.207-212
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본 연구에서는 제주 재래흑돈의 모색에 관여하는 MC1R 유전자를 이용하여, 모색유전자 빈도를 조사함으로써, 제주 재래흑돈군 확보를 위한 선발계획 수립에 기초자료를 제공하고자 수행하였다. 공시동물은 랜드레이스, 대요크셔, 듀록 각 품종별 20두와 제주흑돈 93두 등 총 153두를 공시하여 수행하였다.품종별 MC1R 유전자형을 설정하기 위하여 genbank에 등록되어 있는 돼지 MC1R 유전자(AF181964)를 참고로 하여 두 쌍의 primer (MERL1-EPIG2, EPIG1-EPIG3)를 제작 PCR 증폭을 수행하였다. 먼저 primer MERL1-EPIG2를 이용하여 428bp의 PCR 산물을 얻었으며, primer EPIG1-EPIG3를 이용하여 405bp의 PCR산물을 얻었다. 이들 증폭된 PCR 산물은 서로 다른 2개의 제한효소를 이용하여 PCR-RFLP를 실시하였다. 먼저 primer MERL1-EPIG2를 이용하여 증폭한 428bp의 PCR산물은 제한효소 BspHⅠ(TCATG|A)을 이용하여 절단하였으며, primer EPIG1-EPIG3으로 증폭한 405bp의 PCR산물은 제한효소 AccⅡ(CGC|G)를 이용하여 절단하였다. 이들 절단된 DNA 단편은 TBE buffer에서 전기영동 후 EtBr로 염색하거나 Silver stain 염색을 하여 다형현상을 관찰하였으며, 본 연구의 결과를 요약하면 다음과 같다. 1. 제한효소 BspHⅠ을 이용하여 PCR-RFLP을 수행한 결과 백색의 랜드레이스와 대요크셔는 전 개체 모두가 2개의 밴드(256bp, 172bp)가 확인되었으며, 듀록은 절단되지 않은 하나의 밴드(428bp)가 확인 되었다. 그러나 제주 흑돈에서는 3개의 서로 다른 형태의 밴드가 발견되었는데, 전체 93두중 밴드가 하나인 개체는(428bp)는 29두(31.2%), 밴드가 두 개인 개체는(256bp, 172bp)는 19두(20.4%), 밴드가 3개인(428bp, 256bp, 172bp) 개체는 전체의 절반 정도인 45두(48.4%)이었다. 2. AccⅡ를 이용하여 PCR-RFLP를 실시한 결과 랜드레이스와 대요크셔 종에서는 2개의 밴드(222bp, 183)가 확인 되었으며, 듀록은 한 개의 밴드(405bp)만이 관찰되었다. 그러나 제주흑돈에서는 3개의 서로 다른 형태의 밴드가 확인되었으며, 분포빈도는 BspHⅠ을 이용한 PCR- RFLP 결과와 동일하였다. 3. 이상의 결과를 MC1R 유전자형으로 분류하면 백색품종인 랜드레이스와 대요크셔 품종은 MC1R*3 allele이었으며, 적색의 듀록은 MC1R*4 allele로서 도입종의 모색유전자는 한가지 형태로 고정되어 있었다. 그러나 제주 재래흑돈에 있어서 MC1R*2 allele과 MC1R*3 allele 모두 다 나타났으며, 대부분은 이들의 헤테로 형태였다. 따라서 제주 재래흑돈의 모색고정을 위하여 종모돈 선정시 MC1R 유전자를 이용하면, 짧은 기간 내에 모색이 고정될 것으로 추정되며, 명확한 유전양상 구명을 위해서는 agouti 유전자의 추가 연구가 필요할 것으로 사료된다.
This study was conducted to investigate the genotypes and frequencies of Melanocortin 1 Receptor (MC1R) genes in pigs which plays a central role in regulation of eumelanin (black/brown) and phaeomelanin (red/yellow) pigment synthesis within the mammalian melanocytes. Four different breeds of pigs (20 Landrace, 20 Yorkshire, 20 Duroc, and 93 Jeju native black pigs) were used and PCR-RFLP analysis of MC1R gene was also carried out.Two regions of MC1R genes (428bp and 405bp) were amplified using two specific primers (MERL1-EPIG2, EPIG1-EPIG3), respectively and MC1R allele were determined using 2 restriction enzymes (BspHⅠ, AccⅡ). The results of this experiment indicated that MC1R allelic type in Landrace, Large Yorkshire and Duroc were MC1R *2 (Ep), MC1R *2 (Ep), MC1R *4 (e), respectively. However, various allelic types of MC1R genes were detected in Jeju native black pigs. MC1R allelic type of Jeju black pigs was MC1R*2 type as in Meishan and Large black breeds or MC1R*3 type as in Hampshire and Berkshire breeds and the gene frequencies of ED1 and ED2 were 0.554 and 0.446 in average.
돼지 Melanocortin 4 Receptor(MC4R) 유전자의 육질연관성 분석
[NRF 연계] 한국축산학회 한국축산학회지 Vol.54 No.1 2012.02 pp.1-8
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본 연구는 한국재래돼지의 MC4R 유전자 내의 단일염기변이들을 규명하고 그 유전자형 효과가 유전자표지인자를 이용한 선발 (Marker assisted selection, MAS)에 활용 가능한지를 검증하기 위해서 수행되었다. 한국재래돼지의 MC4R 유전자 총 염기서열을 분석하기 위해 6개의 Primer들을 이용하여 증폭산물을 생성하였으며, 염기서열분석을 통해 총 6개(c.-780C>G, c-135C>T, c.175C >T-Leu59Leu, c.707A>G-Arg236His, c.892A>G-Asp298Asn, c.*430A >T)의 단일염기변이를 발견하였다. 한국재래돼지 MC4R 유전자 내의 총 6개의 단일염기변이들간의 연관불균형과 반수체 분석을 통해 단일염기변이들간의 연관성을 분석하였으며, c.-780C >G, c-135C>T, c.175C>T-Leu59Leu, c.707A>G-Arg236His와 c.*430A>T는 완전한 연관불균형을 이루고 있었고, c.892A>G (Asp298Asn) 단일염기변이만 r2-value가 0.028, D'-value가 0.348로 연관불균형 정도가 매우 낮았다. c.707A>G(Arg236His)와 c.892A>G(Asp298Asn) 단일염기변이들을 선발하여 PCR-RFLP 유전자형 분석방법을 이용해 돼지 5품종간의 유전자형 빈도를 추정한 결과, c.707A>G(Arg236His) 단일염기변이는 요크셔 품종 집단에서 오직 A(His) 대립유전자를 관찰할 수 있었으며, 나머지 한국재래돼지, 랜드레이스, 버크셔와 듀록 품종에서는 G 대립유전자의 고정으로 나타났다. c.707A>G 단일염기변이와 육질형질을 484두에서 연관성 분석을 실시한 결과, 조지방, 등심 내의 수분, 육색, 적색도 그리고 황색도 등에서 유의적인 연관성을 관찰할 수 있었다. c.892A>G(Asp298Asn) 단일염기변이의 유전자형 빈도는 품종별로 차이가 났으며, A(Asn) 대립유전자의 빈도가 가장 높은 품종은 듀록으로 나타났고, G(Asp) 대립유전자의 빈도가 가장 높은 품종은 한국재래돼지로 조사되었다. c.892A>G(Asp 298Asn) 단일염기변이와 돼지 4 집단의 육질형질을 1,126두에서 분석한 결과, 등지방두께에 고도의 유의적인 효과를 관찰할 수 있었다(P<0.002). AA 유전자형을 가진 개체가 AG나 GG 유전자형을 가진 개체보다 등지방두께가 두꺼운 것을 확인할 수 있었다. 본 연구의 결과를 통해 MC4R 유전자 내의 c.892A>G(Asp298Asn) 단일염기변이는 돼지의 선발개량에 유전자표지인자로서 충분한 효과가 있음을 검증하였다.
This study aimed to investigate the single nucleotide polymorphisms(SNPs) of the porcine MC4R gene and validate the effect of the MC4R genotype for marker assisted selection(MAS). Six amplicons were produced to analyze the entire base sequences of the porcine MC4R gene and six SNPs were detected(c.-780C>G, c.-135C>T, c.175C>T-Leu59Leu, c.707A>G-Arg236His, c.892A>G-Asp298Asn, and c.*430A>T). Linkage disequilibrium(LD) of the six SNPs was analyzed by performing haploid analysis. There was a perfect linkage disequilibrium in c.-780C>G, c.-135C>T, c.175C>T-Leu59Leu, c.707A>G-Arg236His, and c.*430A>T. Only the c.892A>G(Asp298Asn) SNP showed a very low LD with an r2 value of 0.028 and the D' value of 0.348. As a result, the two SNPs-c.707A>G(Arg236His) and c.892A>G(Asp298Asn)-were selected to extract the genotype frequencies from the 5 pig breeds by using the polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism(PCR-RFLP) genotype analysis method. The SNP frequency of c.707A>G(Arg236His) indicated the presence of the A(His) allele only in Yorkshire, while the G allele was fixed in the KNP, Landrace, Berkshire, and Duroc. Association analysis was carried out in 484 pigs with the c.707A>G (Arg236His) SNP and the meat quality traits of four different pig cross populations: a significant association was noted in crude fat, sirloin moisture, meat color, and the degree of red and yellow coloration. The frequency of the c.892A>G(Asp298Asn) SNP genotype varied among the breeds; while Duroc showed the highest frequency of the A(Asn) allele, KNP showed the highest frequency of the G(Asp) allele. Association analysis was carried out in 1126 pigs with the c.892A>G(Asp298Asn) SNP and the meat quality traits of four pig populations: a highly significant linkage was noted in the back-fat thickness(P<0.002). It was found that the back-fat thickness was higher in individuals with the AA genotype than in those with the AG or GG genotype. Thus, in this study, we verified that the c.892A>G(Asp298Asn) SNP in the pig MC4R gene has a sufficient effect as a gene marker for MAS in Korean pork industry.
Oleanolic acid 및 그 유도체가 MC3T3-E1 조골세포주의 분화에 미치는 효과
[NRF 연계] 한국약용작물학회 한국약용작물학회지 Vol.19 No.6 2011.12 pp.491-500
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Ursolic acid, triterpenoid compound has been shown to stimulate osteoblast differentiation and enhance bone formation. In the present study, we examined the effects of similar triterpenoid compounds, oleanolic acid (OA) and its derivatives, such as oleanolic acid acetate (OAA) and oleanolic acetate methyl ester (OAM) on the bone formation in MC3T3-E1 osteoblast cells. We determined cellular proliferation, alkaline phosphatase (ALP) activity, mineralization, and expression of osteoblast specific genes and mitogen activated protein kinase phosphorylation. Treatment of 0.1-10μM OA,OAA, and OAM increased cellular proliferation, but not significantly increased as compared with dimethyl sulfoxide (DMSO). OA, OAA, and OAM at 5uM concentration enhanced ALP expression, mineralization, and osteocalcin (OCN)mRNA level. In conclusion, OA and its derivatives stimulated the osteoblast differentiation by increasing ALP, mineralization,and OCN mRNA expression. However, there were no significantly difference on osteoblast differentiation among treatment of OA, OAA, and OAM.
듀록 품종의 Melanocortin-4 Receptor(MC4R) 유전자와 성장형질과의 연관성 분석
[NRF 연계] 한국축산학회 한국축산학회지 Vol.49 No.4 2007.08 pp.437-442
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본 연구는 축산과학원에서 보유중인 듀록 품종내에서 MC4R 유전자의 SNP 발현 특성과 육종가에 의한 선발 후 MC4R 유전자 빈도의 변화 및 경제형질에 대한 유전자형간 육종가의 차이를 구명하고자 수행하였다. 1999년부터 2005년까지 검정된 검정성적을 바탕으로 일당증체량, 등지방두께, 90kg 도달일령 및 사료요구율에 대하여 유전력과 유전상관 및 육종가를 추정하였으며, 2003년과 2004년에 출생한 660두에 대한 혈액을 채취하여 MC4R 유전자에 대한 유전자형 및 대립유전자 분석을 실시하였다. 또한 육종가에 의한 선발 후 유전자의 빈도변화를 세대별 그리고 선발군 및 도태군에 대하여 분석하였으며, 육종가의 분석결과를 이용하여 MC4R의 유전자형 효과를 보았다. 분석결과 육종가를 근거하여 선발한 MC4R 유전자형은 세대당 그리고 선발군과 도태군에서 차이를 보였으며, 각 형질별 육종가의 분산분석결과 사료요구율을 제외한 기타 경제형질에서 유의적으로 MC4R 유전자의 효과가 있는 것으로 나타났다. MC4R 유전자의 효과에 대한 보고는 상이한 부분도 있지만 자체 축군에 대한 다형성 분석 및 경제형질과의 연관성 분석에 의하여 축군 및 개량하고자 하는 경제형질에 따라 표지 유전인자로 활용하여 선발반응 및 정확도를 높일 수 있을 것으로 사료된다.
The melanocortin-4 receptor(MC4R) is virtually expressed in all brain regions and plays an important role in energy homeostasis in mammals. MC4R has been intensively studied as a trait gene controlling economically important traits, such as growth and feed conversion, etc. Six hundreds and sixty Duroc pigs were genotyped for the MC4R locus and analyzed their relationships with breeding values for average daily gain(ADG), backfat thickness(BF), days to 90kg(D90) and feed conversion(FC). The estimated genotype frequencies for the all Duroc pigs were: 30.8%, 45.2%, 24.1% for AA, AB and BB genotypes, respectively. The mutant A allele was significantly associated with ADG, D90 and BF whereas no significant relationship was found with FC. The change of gene frequencies by generation was shown in both selected and culled groups. These results indicate that the MC4R polymorphism could be integrated in the present selection program to realize a marker-assisted selection for the growth traits of the Duroc population.
칡소와 비경흑색 한우의 Melanocortin Receptor 1 (MC1R)유전자형 분석
[NRF 연계] 한국축산학회 한국축산학회지 Vol.44 No.1 2002.02 pp.23-30
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PCR-RFLP analysis was carried out to investigate the genotype of Melanocortin receptor 1 (MC1R) gene in Korean Brindle Cattle and Korean Cattle with dark muzzle, which are coat color and muzzle pigmentation variants of Korean Cattle, respectively. Allelic variants of MC1R in cattle were analyzed by digestion with BsrFⅠ, AciⅠ. Among six genotypes, ED/ED, ED/E+, ED/e, E+/E+, E+/e and e/e, detected in cattle, only two genotypes, E+/E+ and E+/e, were observed in Korean Brindle Cattle, probably reflecting the necessary of E+ allele for the expression of black brindle coat color. As in Korean Cattle with light muzzle, the E+/e and e/e genotypes were detected in Korean Cattle with dark muzzle. The E+ and e alleles frequencies in two populations of Korean Cattle with dark muzzle and with light muzzle were 0.37, 0.63 and 0,11, 0.89, respectively. Although the frequency of E+ allele in Korean Cattle with dark muzzle was higher than in Korean Cattle with light muzzle, the E+ allele was not completely associated with dark muzzle pigmentation. The results of this experiment indicate that the difference of MC1R genotype and frequency may be useful for fixation of coat color in Korean Cattle as well as Korean Brindle Cattle.
제주재래흑돼지와 Landrace의 F2 집단에서 ADCYP1R1, FABP3, MC4R, MYL2 유전자형이 성장형질에 미치는 효과
[NRF 연계] 한국축산학회 한국축산학회지 Vol.50 No.5 2008.10 pp.621-632
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Genetic polymorphisms was investigated at five single nucleotide polymorphisms(SNP) sites in four porcine genes(ADCYAP1R1, FABP3, MC4R, and MYL2) and analyzed their statistical association with growth traits in F2 reciprocal-crossbred population between Landrace and Jeju native black pig(JNP). All populations, JNP, Landrace and their F2 were polymorphic for all five SNP loci tested, however, the homozygote T/T of FABP3 g.-158T>C and the homozygote G/G of ADCYAP1R1 intron 2 337A>G were not found in JNP and Landrace, respectively. The genotypes of ADCYAP1R1 were significantly associated with body weights(BW) at 3 weeks and at 20 weeks(P<0.05), respectivley, those of FABP3 g.-135delT were associated with late average daily gain(LADG) (P<0.01), and those of FABP3 g.-158T>G were associated with body weights during late growth period such as, BW20 and LADG(P<0.01). Those of MC4R were also significantly associated with BW10 suggesting by the difference of early average daily gain(EADG) (P<0.05), and with LADG(P<0.01). The body length of F2 animals was affected by the genotypes of ADCYAP1R1, MC4R, and MYL2(P<0.05), respectively. Among these, MC4R A/A homozygotes showed over 3 cm longer in body length than those of other genotypes. As the useful basic information, these results suggested that SNP markers showing statistical association with growth traits and the results help to select the sires of JNP for improving the productivity in JNP-related crossbreeding system in pig industry and also to construct the molecular breeding system for breed improvement of JNP itself.
돼지 Melanocortin Receptor 1(MC1R) 대립유전자 3의 신규 유전변이 탐색
[NRF 연계] 한국축산학회 한국축산학회지 Vol.46 No.1 2004.02 pp.1-6
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본 연구는 MC1R*3 allele의 돼지에 있어서 유전적 변이를 관찰하기 위하여 수행하였다. 일반적으로 흑모색 바탕에 백색반점이나 백색띠를 갖고 있는 돼지의 MC1R 유전자의 유전자형은 ED2 로 나타낸다. 우성 백색계통의 EP 유전자형은 우성 흑모색 계통의 ED2 유전자와 frameshift mutation 관계가 있다. 돼지 MC1R 전체 번역지역을 증폭하기 위하여 oligonucleotide primer를 제작하여 PCR을 수행 하였다. 그 결과 길이가 963~966 base pairs인 돼지 MC1R 유전자의 전체번역지역을 포함하는 산물을 얻었다. 이들 번역부위의 염기서열 결정하고 이들을 Clustal W 프로그램을 이용하여 정렬한 결과 23번 코돈 (nt68)에서 Hampshire와 제주 재래흑돈은 염기 시토신 (cytosine)이 3개 그리고 Birkshire의 경우 염기 시토신(cytosine)이 2개 결실되어 있었다. 그 외에 3개의 missense mutations과 하나의 frameshift mutation이 발견되었다.
This study was conducted to investigate novel genetic variations of MC1R*3 allele. In general, white spotting or white belt on a black backgroud in pigs is determined by the EP allele at the MC1R/Extention locus. EP shares a frameshift mutation with the ED2 allele for dominant black color. An oligonucleotide primer set was designed to amplify complete coding sequence of the porcine MC1R gene. The MC1R coding sequences obtained from five breeds those were Landrace (white), Yorkshire (white), Hampshire (belt), Berkshire (spot) and Jeju native black pigs (black), were used for this study. A multiple sequence alignment of the MC1R coding region using Clustal W was performed. The total length of the MC1R coding sequence ranged from 963 to 966 base pairs (bp) among the selected breeds. The sequence analysis of the complete coding region of MC1R was revealed that Hampshire and Jeju native black pig have 3 cytosines deletion and Birkshire has 2 cytosines deletion at codon 23 (nt68) in Extention loci. Besides the finding, there were three different missense mutations and a frameshift mutation in the MC1R coding region.
Joint power and subchannel allocation regarding energy harvesting in MC-NOMA based wireless networks
[NRF 연계] 한국통신학회 ICT Express Vol.9 No.5 2023.10 pp.789-794
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We propose resource allocation schemes for a multi-carrier non-orthogonal multiple access (MC-NOMA) system with the consideration of energy harvesting. The resource allocation schemes includes an optimization scheme for maximizing the total system capacity, and an optimization scheme for maximizing the fairness among users, such that both schemes guarantee minimum data rate and harvested energy to each user. Because NOMA is one of the key technologies for enhancing system capacity, we apply a NOMA scheme to an Energy Harvesting Wireless Network (EHWN) to increase the capacity whilst at the same time supplying sufficient harvested energy and data rate for each user. The proposed resource allocation schemes are based on a block coordinate descent (BCD) algorithm that can effectively solve problems in which the objective function is not jointly concave. The performance of each proposed scheme is evaluated using simulations, and we show that the capacity maximization and fairness schemes outperform orthogonal multiple access (OMA) schemes in terms of capacity and fairness, respectively.
A DDPG-based energy efficient federated learning algorithm with SWIPT and MC-NOMA
[NRF 연계] 한국통신학회 ICT Express Vol.10 No.3 2024.06 pp.600-607
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Federated learning (FL) has emerged as a promising distributed machine learning technique. It has the potential to play a key role in future Internet of Things (IoT) networks by ensuring the security and privacy of user data combined with efficient utilization of communication resources. This paper addresses the challenge of maximizing energy efficiency in FL systems. We employed simultaneous wireless information and power transfer (SWIPT) and multi-carrier non-orthogonal multiple access (MC-NOMA) techniques. Also, we jointly optimized power allocation and central processing unit (CPU) resource allocation to minimize latency-constrained energy consumption. We formulated an optimization problem using a Markov decision process (MDP) and utilized a deep deterministic policy gradient (DDPG) reinforcement learning algorithm to solve our MDP problem. We tested the proposed algorithm through extensive simulations and confirmed it converges in a stable manner and provides enhanced energy efficiency compared to conventional schemes.
[NRF 연계] 한국장애인고용공단 고용개발원 장애와 고용 Vol.32 No.4 2022.11 pp.5-47
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Purpose: The purpose of this study was to explore the plan of linkage between related institutions in the region that should be premised for a cycle model between lifelong education and employment for IDD. Method: FGI was used for professors and field experts related to lifelong education and employment services for IDD. Results: Through the link between majoring courses, training centers for IDD, and universities (MC-TCIDD-U), the basic operational direction, operational structure system, and mapping type for each operating organization related to the cycle between lifelong education and employment for IDD were presented. In this regard, the components of basic education, in-depth job training, linked education (package), comprehensive education, subject matter education, job reference and development education, supported employment, and follow-up management were considered based on independent life, lifelong education curriculum, employment service, vocational rehabilitation training, and independent life training for IDD. Conclusion: The connection between MC-TCIDD-U shows that lifelong education and employment services for IDD can be circulated around the whole life cycle and individual demand for adult life of IDD. In addition, the connection between the three regional institutions is considered not only to achieve the plan and performance of employment service through the composition of lifelong education centered on job training including comprehensive lifelong education for IDD, but also to expand the content base and performance of lifelong education curriculum according to the performance of employment service of IDD.
MC-CDMA 기반의 SVC 전송 시스템에서 계층 간 차등 OVSF코드 할당 기법에 관한 연구 KCI 등재후보
중소기업융합학회 융합정보논문지(구 중소기업융합학회논문지) 제6권 제3호 2016.09 pp.49-55
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본 논문에서는 다양한 채널 환경과 요구 화질 조건에서 사용자의 QoS(Quality of Service)를 만족시키기 위한 영상 전송 방법에 대하여 제안하였다. SVC(Scalable Video Coding) 전송 기법은 비디오 신호를 중요도를 고려한 계층별 신호로 인코딩하여 전송하기 때문에, 비디오 신호 전송에 있어 효과적인 방법이다. 하지만 다양한 채널 환경에 대해서 적응적으로 다수의 사용자가 요구하는 각각의 성능을 선택적으로 만족시키는 기술에 대한 연구는 미비하다. 이에 본 논문에서는 MC-CDMA기반의 SVC 전송 시스템에서 계층 간 차등 OVSF(Orthogonal Variable Spreading Factor) 코드 할당 기법을 통해 SVC 계층 간 protection order를 보장하고 수신부로부터의 피드백을 통해 MC-CDMA의 sub-block과 각각의 계층 신호에 할당된 OVSF 길이를 조절하여 전송함으로써 다양한 채널 환경에서 각각의 사용자의 전송 환경에 따른 최적의 영상품질을 제공하는 적응 전송 시스템을 제안한다. 모의실험을 통해 제안 시스템의 성능분석을 실시한 결과 BER 성능이 향상되어 사용자의 QoS 만족이 가능함을 확인할 수 있었다.
This paper proposes an adaptive video signal transmission scheme in order to ensure the QoS (Quality of Service) of user requirements. SVC (Scalable Video Coding) is an effective transmission scheme, because that can transmit video signal according to the video layer’s weight. However, in previous works, those adaptive transmission systems which are considered about the various channel environments and user requirements have not been insufficiently studied. So, we propose the SVC signal transmission using inter-layer differential OVSF code allocation scheme in MC-CDMA. The proposed scheme is able to obtain each layer signal’s protection order and control the sub-block of MC-CDMA by feedback information from receiver. Therefore, our proposed scheme is possible to provide the video quality for each users according to variable channel environments. The simulation results demonstrate the enhancement of proposed system in terms of BER performance.
PB/MC-CDMA 시스템에서 결정 귀한 채널 추정 기법을 이용한 성능 향상 방법 KCI 등재
한국디지털정책학회 디지털융복합연구 제12권 제12호 2014.12 pp.329-335
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본 논문에서는, PB/MC-CDMA 시스템의 성능을 향상시키기 위한 방법으로 파일롯 심볼 및 데이터 심볼을 이용한 결정 귀환 채널 추정 기법에 대하여 연구하였다. PB/MC-CDMA 시스템은 주파수 선택적 페이딩 채널 환경에 서 주파수 다이버시티 이득 및 주파수 영역 등화기를 통하여 좋은 비트오율을 얻을 수 있다. 그러나 정확한 채널 추 정이 되지 않을 경우 사용자간의 심각한 간섭이 발생하기 때문에 성능 저하가 일어난다. 제안 시스템은 1차 채널 추 정 값과 2차 채널 추정된 값을 결정 귀환시켜 채널을 추정함으로써 다중사용자 환경에서 시스템의 성능을 향상 시 킨다. 제안시스템의 성능 평가는 컴퓨터 시뮬레이션을 통하여 수행하였다. 본 논문에서 제안시스템을 통해 사용자간 의 간섭으로 인한 성능 저하를 보상하여 비트오율이 향상될 뿐만 아니라 채널 추정을 위한 파일롯 심볼의 수를 줄 일 수 있어 기존의 시스템보다 더 우수한 성능을 가지는 것을 확인 하였다.
In this paper, to improve the performance of PB/MC-CDMA system, we have researched about the decision feedback channel estimation method using the pilot symbol with data symbol. The PB/MC-CDMA system is able to obtain the improved BER by frequency diversity gain and frequency domain equalizer in the frequency selective fading channel. However, when it is not the estimating of channel exactly, it is degrading the performance of BER in the system for occurred the interference among users. To improve the performane system in the multi-user environment the proposed system is using the decision feedback to estimate channel using the channel estimated value of the first stage and second stage. The proposed system is evaluated by computer simulation. The proposed system is not only able to improve the performance of BER by decreasing the interference to each user, but also the proposed system is possible to reduce number of pilot symbol to estimate the channel. Therefore, it confirmed the proposed system improves the performance than the conventional system.
PB/MC-CDMA 시스템에서 처리량 향상을 위한 효율적인 자원 할당 기법
중소기업융합학회 융합정보논문지(구 중소기업융합학회논문지) 제4권 제1호 2014.03 pp.1-6
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PB/MC-CDMA는 기존 MC-CDMA 시스템과는 달리 여러 개의 블록으로 전체 주파수 대역을 분할하는 효율적인 시스템이다. 다중 블록 PB/MC-CDMA에서 효율적인 자원 할당 방식을 제안한다. 이 시스템은 주파수 효 율을 향상시키고 다양한 채널 조건을 통해 사전에 정의 된 임계값을 만족시키면서 전체 처리량을 극대화 하는 것을 목표로 하고 있다. 또한, 컴퓨터 시뮬레이션을 통해 제안하는 시스템의 성능 처리량 측면에서 더 효과적인 것을 확인 한다.
PB/MC-CDMA is an efficient system which divides the whole frequency band into several blocks, unlike a conventional MC-CDMA system. We propose an efficient resource allocation scheme in Multi-Block PB/MC-CDMA (Partial Block Multi-Carrier Code Division Multiple Access). This system aims to improve frequency efficiency and maximize the total throughput while satisfying predefined threshold over various channel conditions. Through computer simulations, we confirm that the performance of the proposed system is more effective in terms of throughput.
PB/MC-CDMA 기반 two-hop 중계 망에서의 자원 할당 방식 KCI 등재후보
한국위성정보통신학회 한국위성정보통신학회논문지 제5권 제1호 2010.06 pp.94-99
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In this paper, we discuss a proposed two hop relay network with PB/MC-CDMA(partial block MC-CDMA) technique. The main advantages of PB/MC-CDMA system are the increased cell capacity and the high quality of performances. In the system, we employ relay scheme to focus on the coverage reduction and hotspot problem, hotspot is a location where a cluster of users are blocked or dropped for the reason of insufficient frequency resources. Frequency resource allocation scheme is put forward in a three cells system according to each problem. The simulation result shows the performance of the two hop transmission is better than the direct transmission and the proposed network can support much more users to relief hotspot effect compared to the conventional one.
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