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Virtual screening, molecular docking studies and DFT calculations on JNK3

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  • 발행기관
    조선대학교 기초과학연구원 바로가기
  • 간행물
    통합자연과학논문집(구 조선자연과학논문집) 바로가기
  • 통권
    제15권 4호 (2022.12)바로가기
  • 페이지
    pp.179-186
  • 저자
    Priya dharshini, Thirumurthy Madhavan
  • 언어
    영어(ENG)
  • URL
    https://www.earticle.net/Article/A423225

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원문정보

초록

영어
The c-Jun N-terminal kinase (JNK3) play major role in neurodegenerative diseases like Alzheimer’s disease, Parkinson’s disease, cerebral ischemia and other Central Nervous System disorders. Since JNK3 is primarily stated in the brain and stimulated by stress-stimuli, this situation is conceivable that inhibiting JNK3 could be a possible treatment for the mechanisms underlying neurodegenerative diseases. In this study drugs from Zinc15 database were screened to identify the JNK3 inhibitors by Molecular docking and Density functional theory approach. Molecular docking was done by Autodock vina and the ligands were selected based on the binding affinity. Our results identified top ten novel ligands as potential inhibitors against JNK3. Molecular docking revealed that Venetoclax, Fosaprepitant and Avapritinib exhibited better binding affinity and interacting with proposed binding site residues of JNK3. Density functional theory was used to compute the values for energy gap, lowest unoccupied molecular orbital (LUMO), and highest occupied molecular orbital (HOMO). The results of Density functional theory study showed that Venetoclax, Fosaprepitant and Avapritinib serves as a lead compound for the development of JNK3 small molecule inhibitors.

목차

Abstract
1. Introduction
2. Materials and methods
2.1 Preparation of protein
2.2 Ligand preparation
2.3 Molecular docking
2.4 Conceptual Density Functional Theory (C-DFT) Analysis
3. Results and Discussion
3.1 Molecular docking
3.2 Conceptual DFT
4. Conclusion
References

키워드

JNK3 JNK3 inhibitors Molecular docking Density functional theory

저자

  • Priya dharshini [ Department of Medical Genetics, Chettinad Hospital and Research institute, Kelambakkam, 603103, Chengalpattu District, Tamilnadu, India. ]
  • Thirumurthy Madhavan [ Department of Medical Genetics, Chettinad Hospital and Research institute, Kelambakkam, 603103, Chengalpattu District, Tamilnadu, India. ] Corresponding Author

참고문헌

자료제공 : 네이버학술정보

간행물 정보

발행기관

  • 발행기관명
    조선대학교 기초과학연구원 [The Natural Science Research Institute of Chosun]
  • 설립연도
    2008
  • 분야
    자연과학>자연과학일반
  • 소개
    본 연구원은 기초과학을 진흥하기 위한 연구·교육 및 그 보급을 목적으로 한다. 이 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 사업을 수행한다. 1. 기초과학 제 분야에 관한 조사와 연구 2. 기초과학에 관한 학술행사(학술대회, 학술세미나, 심포지엄, 초청강연회 등) 개최 3. 학문후속세대 및 일반인을 위한 기초과학 교육 4. 기관지『조선자연과학논문지』 발간 5. 『자연과학연구총서』, 『자연과학번역총서』 등 단행본 발간 6. 기타 본 연구원의 목적과 관련된 사업

간행물

  • 간행물명
    통합자연과학논문집(구 조선자연과학논문집) [Journal of Integrative Natural Science]
  • 간기
    계간
  • pISSN
    2005-1042
  • 수록기간
    2008~2025
  • 등재여부
    KCI 등재
  • 십진분류
    KDC 405 DDC 505

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