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Identification and quantification by GlycoProteome analyzer (IQ-GPA) in web service

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  • 발행기관
    한국당과학회 바로가기
  • 간행물
    한국당과학회 학술대회 바로가기
  • 통권
    2022 한국당과학회 연례학술대회 (2022.07)바로가기
  • 페이지
    pp.81-81
  • 저자
    Nahye Kim, Jung Hun Ju, Hyejin Kim, Jin Young Kim, Jong Shin Yoo, Heeyoun Hwang
  • 언어
    영어(ENG)
  • URL
    https://www.earticle.net/Article/A415486

※ 원문제공기관과의 협약기간이 종료되어 열람이 제한될 수 있습니다.

원문정보

초록

영어
We have developed an Identification and Quantification by GlycoProteome Analyzer (IQ-GPA) for high throughput analysis of N- and O-glycoproteome. Herein, we introduce the web version of IQ-GPA for a database search and algorithmic suite with tandem mass spectrometry of HCD/CID/ETD (EThcD) in a shotgun experiment. We have designed to easily handle high-throughput glycoproteomic data with graphical user interfaces, and users can instantly access to a range of Glycan Database Builder as well as N and O-GPA modules using Microsoft Azure cloud platforms. With spectra files and the glycopeptide database of interest, the modules identify and quantify intact N- and O-linked glycopeptides in the complex samples, which requires the following steps: 1) DB Builder Module generates a GPA database using the detailed parameters after select working directory. 2) Analysis Module requires a spectrum file and a GPA-Database to analyze N- and O- glycopeptides with user specific parameters. 3) GPA Report Module shows the results and statistical charts on the website. In addition, IQ-GPA contains a module for the classification of N-glycopeptides as core- and outer-fucosylated types using the artificial intelligence ( https://www.iqgpa.org ).

저자

  • Nahye Kim [ Research Center for Bioconvergence Analysis, Korea Basic Science Institute ]
  • Jung Hun Ju [ Research Center for Bioconvergence Analysis, Korea Basic Science Institute ]
  • Hyejin Kim [ Research Center for Bioconvergence Analysis, Korea Basic Science Institute, Department of Bio and Brain Engineering, KAIST, Daejeon 34141, Republic of Korea ]
  • Jin Young Kim [ Research Center for Bioconvergence Analysis, Korea Basic Science Institute ]
  • Jong Shin Yoo [ Research Center for Bioconvergence Analysis, Korea Basic Science Institute ]
  • Heeyoun Hwang [ Research Center for Bioconvergence Analysis, Korea Basic Science Institute ] Corresponding Author

참고문헌

자료제공 : 네이버학술정보

간행물 정보

발행기관

  • 발행기관명
    한국당과학회 [Korean Society for Glycoscience]
  • 설립연도
    2006
  • 분야
    의약학>약학
  • 소개
    본 학회는 화학, 생화학, 분자생물학, 미생물학, 식품공학, 의학, 약학, 유전공학 및 생물공학, 환경 및 기타 공업 등 전 분야의 탄수화물관련 이론과 기술을 연구 발전시키고 산학협동을 통해 이를 보급하여 국내 관련 산업의 발전 및 국민생활의 과학화에 기여하고자 하며, 이러한 목표와 비젼의 실현을 위해 회원들이 적극적인 참여와 활동을 전개하고자 한다.

간행물

  • 간행물명
    한국당과학회 학술대회
  • 간기
    연간
  • 수록기간
    2006~2022
  • 십진분류
    KDC 517 DDC 614

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