Earticle

현재 위치 Home

Data-processing pipeline and database design for integrated analysis of mycoviruses

첫 페이지 보기
  • 발행기관
    국제인공지능학회(구 한국인터넷방송통신학회) 바로가기
  • 간행물
    The International Journal of Advanced Smart Convergence KCI 등재 바로가기
  • 통권
    Volume 8 Number 3 (2019.09)바로가기
  • 페이지
    pp.115-122
  • 저자
    Mikyung Je, Hyeon Seok Son, Hayeon Kim
  • 언어
    영어(ENG)
  • URL
    https://www.earticle.net/Article/A362982

※ 원문제공기관과의 협약기간이 종료되어 열람이 제한될 수 있습니다.

원문정보

초록

영어
Recent and ongoing discoveries of mycoviruses with new properties demand the development of an appropriate research infrastructure to analyze their evolution and classification. In particular, the discovery of negative-sense single-stranded mycoviruses is worth noting in genome types in which double-stranded RNA virus and positive-sense single-stranded RNA virus were predominant. In addition, some genomic properties of mycoviruses are more interesting because they have been reported to have similarities with the pathogenic virus family that infects humans and animals. Genetic information on mycoviruses continues to accumulate in public repositories; however, these databases have some difficulty reflecting the latest taxonomic information and obtaining specialized data for mycoviruses. Therefore, in this study, we developed a bioinformatics-based pipeline to efficiently utilize this genetic information. We also designed a schema for data processing and database construction and an algorithm to keep taxonomic information of mycoviruses up to date. The pipeline and database (termed ‘mycoVDB’) presented in this study are expected to serve as useful foundations for improving the accuracy and efficiency of future research on mycoviruses.

목차

Abstract
1. INTRODUCTION
2. METHODS
3. RESULTS
3.1 mycoVDB
3.2 Taxonomy browser
4. DISCUSSION
5. CONCLUSION
REFERENCES

키워드

Mycovirus Database Bioinformatics Taxonomic classification

저자

  • Mikyung Je [ SNU Bioinformatics Institute, Interdisciplinary Graduate Program in Bioinformatics, College of Natural Science, Seoul National University, Seoul, Korea ]
  • Hyeon Seok Son [ Laboratory of Computational Biology & Bioinformatics, Institute of Public Health and Environment, Graduate School of Public Health, Seoul National University, Seoul, Korea ]
  • Hayeon Kim [ Department of Biomedical Laboratory Science, Kyungdong University, Wonju, Gangwondo, Korea ] Corresponding author

참고문헌

자료제공 : 네이버학술정보

간행물 정보

발행기관

  • 발행기관명
    국제인공지능학회(구 한국인터넷방송통신학회) [The International Association for Artificial Intelligence]
  • 설립연도
    2000
  • 분야
    공학>전자/정보통신공학
  • 소개
    인터넷방송, 인터넷 TV , 방송 통신 네트워크 및 관련 분야에 대한 국내는 물론 국제적인 학술, 기술의 진흥발전에 공헌하고 지식 정보화 사회에 기여하고자 한다.

간행물

  • 간행물명
    The International Journal of Advanced Smart Convergence
  • 간기
    계간
  • pISSN
    2288-2847
  • eISSN
    2288-2855
  • 수록기간
    2012~2025
  • 십진분류
    KDC 326 DDC 380

이 권호 내 다른 논문 / The International Journal of Advanced Smart Convergence Volume 8 Number 3

    피인용수 : 0건 (자료제공 : 네이버학술정보)

    함께 이용한 논문 이 논문을 다운로드한 분들이 이용한 다른 논문입니다.

      출처 : 네이버학술정보

        0개의 논문이 장바구니에 담겼습니다.

        페이지 저장
        소속기관 조회
        이용자님의 소속기관(단체)이 서비스에 가입되어 있는지 확인해 보십시오.
        기관회원에 소속되어 있는 이용자는 원문을 무료로 이용할 수 있습니다.