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기술 융합(TC)

다중 지역 정렬 알고리즘 구현 및 응용
Implementation and Application of Multiple Local Alignment

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  • 발행기관
    국제문화기술진흥원 바로가기
  • 간행물
    The Journal of the Convergence on Culture Technology (JCCT) KCI 등재 바로가기
  • 통권
    Vol.5 No.3 (2019.08)바로가기
  • 페이지
    pp.339-344
  • 저자
    이계성
  • 언어
    한국어(KOR)
  • URL
    https://www.earticle.net/Article/A362940

※ 원문제공기관과의 협약기간이 종료되어 열람이 제한될 수 있습니다.

원문정보

초록

영어
Global sequence alignment in search of similarity or homology favors larger size of the sequence because it keeps looking for more similar section between two sequences in the hope that it adds up scores for matched part in the rest of the sequence. If a substantial size of mismatched section exists in the middle of the sequence, it greatly reduces the total alignment score. In this case a whole sequence would be better to be divided into multiple sections. Overall alignment score over the multiple sections of the sequence would increase as compared to global alignment. This method is called multiple local alignment. In this paper, we implement a multiple local alignment algorithm, an extension of Smith-Waterman algorithm and show the experimental results for the algorithm that is able to search for sub-optimal sequence.
한국어
서열 정렬에 있어서 전체를 비교하여 두 서열 사이의 최대의 유사성 또는 상동성을 찾는 전역 정렬은 넓은 범 위를 선호하게 되는 편향성을 갖게 된다. 비일치 부분을 과감히 제거하고 높은 일치도를 갖는 부분 영역을 정렬하게 되면 정렬점수를 높이는 효과를 갖게 된다. 여러 개의 부분 지역 정렬을 탐색하게 하는 다중 지역정렬 방법을 적용하 여 다수의 지역정렬을 수행하는 알고리즘을 구현하고 결과를 분석해 본다. 지역 정렬에 일반적으로 사용되는 Smith-Waterman 알고리즘의 제한점 중 하나인 서열이 길어지는 것을 방지하고, sub-optimal sequence를 찾기 위 한 방법을 응용하여 다중지역 정렬을 수행한다.

목차

요약
Abstract
Ⅰ. 서론
Ⅱ. 기존 연구
1. Smith-Waterman 알고리즘
2. 길이 제한 지역정렬
Ⅲ. 다중 지역정렬을 위한 방법
Ⅳ. 실험 및 결과
Ⅴ. 결론
References

키워드

지역 정렬 Smith-Waterman 알고리즘 다중지역정렬 Local Alignment Smith-Waterman Algorithm Multiple local alignment

저자

  • 이계성 [ Gye Sung Lee | 정회원, 단국대학교 소프트웨어학과 ] Corresponding author

참고문헌

자료제공 : 네이버학술정보

간행물 정보

발행기관

  • 발행기관명
    국제문화기술진흥원 [The International Promotion Agency of Culture Technology]
  • 설립연도
    2009
  • 분야
    공학>공학일반
  • 소개
    본 진흥원은 문화기술(Culture Technology) 관련 산·학·연·관으로 구성된 비영리 단체이다. 문화기술(CT)은 정보통신기술(ICT), 문화적 사고 기반의 예술, 인문학, 디자인, 사회과학기술이 접목된 신융합기술(New Convergence Technology, NCT)로 정의한다. 인간의 삶의 질을 향상시키고, 진보된 방향으로 변화시키고, 문화기술 관련 분야의 학술 및 기술의 발전과 진흥에 공헌하기 위하여, 제3조의 필요한 사업을 행함을 그 목적으로 한다.

간행물

  • 간행물명
    The Journal of the Convergence on Culture Technology (JCCT) [문화기술의 융합]
  • 간기
    격월간
  • pISSN
    2384-0358
  • eISSN
    2384-0366
  • 수록기간
    2015~2025
  • 등재여부
    KCI 등재
  • 십진분류
    KDC 600 DDC 700

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