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Computational Analysis of Human Chemokine Receptor Type 6

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  • 발행기관
    조선대학교 기초과학연구원 바로가기
  • 간행물
    통합자연과학논문집(구 조선자연과학논문집) KCI 등재 바로가기
  • 통권
    제11권 2호 (2018.06)바로가기
  • 페이지
    pp.121-129
  • 저자
    Sindhiya Sridharan, Ayesha Zainab Saifullah, Santhosh Kumar Nagarajan, Thirumurthy Madhavan
  • 언어
    영어(ENG)
  • URL
    https://www.earticle.net/Article/A339212

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원문정보

초록

영어
CXCR6 is a major target in drug design as it is a determinant receptor in many diseases like AIDS, Type I Diabetes, some cancer types, atherosclerosis, tumor formation, liver disease and steatohepatitis. In this study, we propose the active site residues of CXCR6 molecule. We employed homology modelling and molecular docking approach to generate the 3D structure for CXCR6 and to explore its interaction between the antagonists and agonists. 3D models were generated using 14 different templates having high sequence identity with CXCR6. Surflex docking studies using pyridine and pyrimidine derivatives enabled the analysis of the binding site and finding of the important residues involved in binding. 3D structure of CXCL16, a natural ligand for CXCR6, was modelled using PHYRE and protein – protein docking was performed using ClusPro. The residues which were found to be crucial in interaction with the ligand are THR110, PHE113, TYR114, GLN160, GLN195, CYS251 and SER255. This study can be used as a guide for therapeutic studies of human CXCR6.

목차

Abstract
 1. Introduction
 2. Materials and Methods
  2.1. Homology Modelling
  2.2. Homology Model Validation
  2.3. Molecular Docking
 3. Results and Discussion
  3.1. Homology Model Generation
  3.2. Homology Model Validation
  3.3. Active Site Characterization and Molecular Docking
 4. Conclusion
 Acknowledgment
 References

키워드

CXCR6 Homology Modelling Molecular Docking CXCL16 Chemokines

저자

  • Sindhiya Sridharan [ Department of Genetic Engineering, School of Bioengineering, SRM University, SRM Nagar, Kattankulathur, Chennai 603203, India ]
  • Ayesha Zainab Saifullah [ Department of Genetic Engineering, School of Bioengineering, SRM University, SRM Nagar, Kattankulathur, Chennai 603203, India ]
  • Santhosh Kumar Nagarajan [ Department of Genetic Engineering, School of Bioengineering, SRM University, SRM Nagar, Kattankulathur, Chennai 603203, India ]
  • Thirumurthy Madhavan [ Department of Genetic Engineering, School of Bioengineering, SRM University, SRM Nagar, Kattankulathur, Chennai 603203, India ] Corresponding author

참고문헌

자료제공 : 네이버학술정보

간행물 정보

발행기관

  • 발행기관명
    조선대학교 기초과학연구원 [The Natural Science Research Institute of Chosun]
  • 설립연도
    2008
  • 분야
    자연과학>자연과학일반
  • 소개
    본 연구원은 기초과학을 진흥하기 위한 연구·교육 및 그 보급을 목적으로 한다. 이 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 사업을 수행한다. 1. 기초과학 제 분야에 관한 조사와 연구 2. 기초과학에 관한 학술행사(학술대회, 학술세미나, 심포지엄, 초청강연회 등) 개최 3. 학문후속세대 및 일반인을 위한 기초과학 교육 4. 기관지『조선자연과학논문지』 발간 5. 『자연과학연구총서』, 『자연과학번역총서』 등 단행본 발간 6. 기타 본 연구원의 목적과 관련된 사업

간행물

  • 간행물명
    통합자연과학논문집(구 조선자연과학논문집) [Journal of Integrative Natural Science]
  • 간기
    계간
  • pISSN
    2005-1042
  • 수록기간
    2008~2026
  • 등재여부
    KCI 등재
  • 십진분류
    KDC 405 DDC 505

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