1998년 9월 25일 `일한어업협정` 이 체결되었다. 물론 1994년 국제해양법협약의 발효에 의해서 국제해양질서가 200해리 배타적경제수역 설정이 기정사실화 되어가고 있는 시점에서 한일 양국은 다같이 배타적경제수역(EEZ) 설정을 필요로 하고 있었다. 그런데 일본이 한국의 고유영토 독도에 대한 영유권주장을 포기하지 않고 있는 한, EEZ설정은 쉬운 일이 아니었다. 그런데 일본은 협상에서 자신들의 요구가 관철되지 않자, 도전적이고 일방적으로 직선기선을 선포하고 한국어선을 나포하기 시작했다. 일본은 EEZ설정이 의도대로 되지 않자, 그 대안으로 중간수역을 설정하여 독도를 여기에 포함하는 어업협정 체결을 제안했다. 한국정부는 도전적인 일본의 요구에 견디지 못하여 대부분 수락하고 말았다. 여기서 주목해야할 것은 일본이 당초 의도했던 것은 동해의 주권을 분할하기 위한 `EEZ` 설정에 있었다는 것이다. 어업협정의 결과에서도 보면 알 수 있듯이 일본은 단순히 어업협정 체결을 빌미로 한국의 동해해양주권 및 영토권을 훼손하려는 의도를 가지고 있었다는 것이다.
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