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DNA Degradation이 Genotyping-by-Sequencing(GBS) 자료 기반 한우 유전적 표지 발굴에 미치는 영향
Effects of DNA Degradation on the Genotyping-by-Sequencing (GBS) Data for Genetic Marker Discovery of Hanwoo Population

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  • 발행기관
    강원대학교 동물생명과학연구소(구 강원대학교 동물자원공동연구소) 바로가기
  • 간행물
    동물자원연구 KCI 등재 바로가기
  • 통권
    제28권 4호 (2017.12)바로가기
  • 페이지
    pp.161-168
  • 저자
    유동안, 김권도, 김덕경, 조서애
  • 언어
    한국어(KOR)
  • URL
    https://www.earticle.net/Article/A319639

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원문정보

초록

영어
Genotyping-by-sequencing (GBS) is a cost-efficient method which can be useful for SNP marker discovery in a population of interest. GBS is genome reduction sequencing method using restriction enzyme. The quality of DNA is a key factor which could have an influence in downstream analysis. However, there have not been many studies which investigated the impact of DNA degradation and the quality of the data on marker discovery. In this study, GBS data of 6 Hanwoo samples (H1~6) showing differing level of DNA degradation were compared. Re-sequencing pipeline was followed to investigate the impact of DNA degradation on marker discovery. As a result, we found that the quantity and quality of SNPs were not affected in the sample H5 and H6 with moderately degraded DNA. On the other hand, marker discovery was greatly affected in samples with severe DNA degradation (H3 and H4). The findings in this study support that GBS is a robust genotyping method towards moderate DNA degradation.

목차

ABSTRACT1)
 Ⅰ. 서론
 Ⅱ. 재료 및 방법
  1. Genotype-by-sequencing 을 통한 단편서열 생산
  2. 단편염기서열 자료 정렬을 통한 SNP발굴
 Ⅲ. 결과 및 고찰
  1. Agarose gel 전기영동을 통한 DNA 품질 비교
  2. Genotype-by-sequencing을 통한 단편서열 생산
  3. 참조 유전체 정렬을 통한 SNP발굴
 Ⅳ. 요약
 사사
 Ⅴ. 참고문헌

키워드

Hanwoo GBS DNA degradation DNA marker Genotyping

저자

  • 유동안 [ Dong Ahn Yoo | 서울대학교 생물정보학 협동과정 ]
  • 김권도 [ Kwondo Kim | 서울대학교 생물정보학 협동과정, (주)조앤김지노믹스 ]
  • 김덕경 [ Duk Kyung Kim | (주)조앤김지노믹스 ]
  • 조서애 [ Seoae Cho | (주)조앤김지노믹스 ] Corresponding author

참고문헌

자료제공 : 네이버학술정보

간행물 정보

발행기관

  • 발행기관명
    강원대학교 동물생명과학연구소(구 강원대학교 동물자원공동연구소) [Institute of Animal Life Science Kangwon National University]
  • 설립연도
    1999
  • 분야
    농수해양>축산학
  • 소개
    1970년 3월에 설립된 본 연구소는 국내외 동물자원에 관한 기초 및 응용연구를 통하여 축산업 발전을 선도하고 산학협동 체제를 강화하여 지역사회 발전에 기여함은 물론 통일에 대비한 북한 동물자원에 관한 연구를 체계적으로 수행하기 위함을 근본 목적으로 하고 있다. 본 연구소는 다변화, 과학화된 동물자원 분야에서 이론과 실제를 결부하는 연구활동 뿐만 아니라 학술 및 산학협동 활동 등을 인정받아 1991년에 교육부로부터 법정 연구소로 지정되었으며 1996년에는 이공계 첨단기자재 지원대상 연구소, 한우특성화대학 연구소로 지정되었고 1999년에는 학술진흥재단 대학 부설 중점연구소로 지정되었다. 이러한 지원과 국내외 동물자원 분야의 과학적 정립 및 연구, 발전이라는 고유한 목적 하에서 현재 국제적으로 축산업분야 중 심각한 문제를 가지고 있는 전염성 질병 및 그 대책 마련 등의 연구를 통해 현장애로 및 문제점을 해결하고, 실용적 축산 분뇨처리 방법 개발 및 새로운 축산물 가공품 개발과 유전공학 기법을 이용한 새로운 동물의 작출, 유전적 능력이 우수한 개체의 생산과 육종, 새로운 사료자원의 개발 등의 분야에서 세계적으로 선도적인 연구를 수행하고 있으며 관련분야에서 인정받는 국제적인 연구소로 발전하기 위해 노력을 기울이고 있다.

간행물

  • 간행물명
    동물자원연구 [Annals of Animal Resources Sciences]
  • 간기
    계간
  • pISSN
    1225-2964
  • eISSN
    2287-3317
  • 수록기간
    1999~2026
  • 등재여부
    KCI 등재
  • 십진분류
    KDC 527 DDC 636

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