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팽이버섯 (Flammulina velutipes) 계통의 분류를 위한 SSR 마커개발
Development of SSR markers for classification of Flammulina velutipes strains

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  • 발행기관
    한국버섯학회 바로가기
  • 간행물
    한국버섯학회지 KCI 등재후보 바로가기
  • 통권
    제15권 제2호 (2017.06)바로가기
  • 페이지
    pp.78-83
  • 저자
    우성이, 서경인, 장갑열, 공원식
  • 언어
    한국어(KOR)
  • URL
    https://www.earticle.net/Article/A308493

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원문정보

초록

영어
Microsatellite SSR markers were developed and utilized to reveal the genetic diversity of 32 strains of Flammulina velutipes collected in Korea, China, and Japan. From the SSR-enriched library, 490 white colonies were randomly selected and sequenced. Among the 490 sequenced clones, 85 (17.35%) were redundant. Among the remaining 405 unique clones, 201 (49.6%) contained microsatellite sequences. We used 12 primer pairs that produced reproducible polymorphic bands for four diverse strains, and these selected markers were further characterized in 32 Flammulina velutipes strains. A total of 34 alleles were detected using the 12 markers, with an average of 3.42 alleles, and the number of alleles ranged from two to seven per locus. The major allele frequency ranged from 0.42 (GB-FV-127) to 0.98 (GB-FV-166), and values for observed (HO) and expected (HE) heterozygosity ranged from 0.00 to 0.94 (mean = 0.18) and from 0.03 to 0.67 (mean = 0.32), respectively. SSR loci amplified with GB-FV-127 markers gave the highest polymorphism information content (PIC) of 0.61 and mean allele number of five, whereas for loci amplified with GB-FV-166 markers these values were the lowest, namely 0.03 and two. The mean PIC value (0.29) observed in the present study with average number of alleles (3.42). The genetic relationships among the 32 Flammulina velutipes strains on the basis of SSR data were investigated by UPGMA cluster analysis. In conclusion, we succeeded in developing 12 polymorphic SSRs markers from an SSR-enriched library of Flammulina velutipes. These SSRs are presently being used for phylogenetic analysis and evaluation of genetic variations. In future, these SSR markers will be used in clarifying taxonomic relationships among the Flammulina velutipes.

목차

ABSTRACT
 서론
 재료 및 방법
  시험균주 및 DNA 추출
  Adapter 배열을 이용한 ligation
  미소반복서열을 포함하고 있는 DNA 단편의 선발 및 분리
 결과 및 고찰
  Microsatellite의 특성
  Microsatellite에 의한 집단구조 분석
 적요
 감사의 글
 References

키워드

Flammulina velutipes UPGMA SSR

저자

  • 우성이 [ Sung-I Woo | 농촌진흥청 국립원예특작과학원 버섯과, 강원대 응용생물학과 ]
  • 서경인 [ Kyoung-In Seo | 국립종자원 ]
  • 장갑열 [ Kab yeul Jang | 농촌진흥청 국립원예특작과학원 버섯과 ]
  • 공원식 [ Won-Sik Kong | 농촌진흥청 국립원예특작과학원 버섯과 ] Corresponding author

참고문헌

자료제공 : 네이버학술정보

간행물 정보

발행기관

  • 발행기관명
    한국버섯학회 [The Korean Society of Mushroom Science]
  • 설립연도
    1997
  • 분야
    농수해양>농학
  • 소개
    우리나라의 버섯 연구와 관련 산업의 발전에 기여하고 버섯관련 연구자와 관련산업 종사자간의 학술정보 등의 교류를 목적으로 한다.

간행물

  • 간행물명
    한국버섯학회지 [Journal of MUSHROOMS]
  • 간기
    계간
  • pISSN
    1738-0294
  • eISSN
    2288-8853
  • 수록기간
    2003~2025
  • 등재여부
    KCI 등재
  • 십진분류
    KDC 525 DDC 635

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