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Bovine SNP50K BeadChip을 이용한 강원지역 한우의 연관불평형 분석
Linkage Disequilibrium and Association Analysis of Hanwoo Steer in Gangwon Region using Bovine SNP50K BeadChip

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  • 발행기관
    강원대학교 동물생명과학연구소(구 강원대학교 동물자원공동연구소) 바로가기
  • 간행물
    동물자원연구 KCI 등재 바로가기
  • 통권
    제28권 2호 (2017.06)바로가기
  • 페이지
    pp.46-55
  • 저자
    홍민욱, 최소영, 김훈, 양송이, 곽경록, 김종복, 이성진
  • 언어
    한국어(KOR)
  • URL
    https://www.earticle.net/Article/A304508

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원문정보

초록

영어
This study was conducted with DNA chip analysis to investigate genotypes of SNPs in genome wide association (GWA) of Korean native cattle (Hanwoo) in Gangwon region and extent of linkage disequilibrium (LD) among SNP markers. Genomic DNA for genotyping was extracted from the tissue samples of Hanwoo steers (n=139). A total of 54,609 SNPs were screened using Bovine SNP50K BeadChip. The filtering resulted in 35,769 useful SNPs, which were used for LD analysis. The total length of the SNP markers used in the analysis was 2499.26 Mb, the mean of minor allele frequency was 0.273 and the average interval distances of adjacent SNP markers by each chromosome was 60 to 82 Kb in GWA. The results of this study which confirmed by using Hanwoo steer in Gangwon, showed a pattern similar to previously reported studies for Hanwoo. Greater than 0.2 of LD value (r2) observed 34 percentage at adjacent SNP markers within 50 Kb. Also graph showed an exponential trend the decay of LD with physical distance. When the decay of r2 with a distance was plotted separately for each chromosome, the average r2 values were lower than 0.2 on BTA 13, 15, 19, 23, 25, 28, and 29 in the less than 40 Kb when compared to all other chromosomes. Therefore this study could be utilized as baseline data using genetic improvement, helpful in a genetic breeding system for Gangwon Hanwoo.

목차

ABSTRACT
 Ⅰ. 서론
 Ⅱ. 재료 및 방법
  1. 공시재료
  2. 유전자형 분석
  3. 연관불평형 분석
 Ⅲ. 결과 및 고찰
 Ⅳ. 요약
 사사
 Ⅴ. REFERENCES

키워드

Hanwoo Linkage disequilibrium Single nucleotide polymorphism Genome wide association

저자

  • 홍민욱 [ Min-Wook Hong | 강원대학교 동물생명과학대학 ]
  • 최소영 [ So-Young Choi | 강원대학교 동물생명과학대학 ]
  • 김훈 [ Hun Kim | 강원대학교 동물생명과학대학 ]
  • 양송이 [ Song-Yi Yang | 강원대학교 동물생명과학대학 ]
  • 곽경록 [ Kyeongrok Kwak | 강원대학교 동물생명과학대학 ]
  • 김종복 [ Jong-Bok Kim | 강원대학교 동물생명과학대학 ]
  • 이성진 [ Sung-Jin Lee | 강원대학교 동물생명과학대학 ] Corresponding author

참고문헌

자료제공 : 네이버학술정보

간행물 정보

발행기관

  • 발행기관명
    강원대학교 동물생명과학연구소(구 강원대학교 동물자원공동연구소) [Institute of Animal Life Science Kangwon National University]
  • 설립연도
    1999
  • 분야
    농수해양>축산학
  • 소개
    1970년 3월에 설립된 본 연구소는 국내외 동물자원에 관한 기초 및 응용연구를 통하여 축산업 발전을 선도하고 산학협동 체제를 강화하여 지역사회 발전에 기여함은 물론 통일에 대비한 북한 동물자원에 관한 연구를 체계적으로 수행하기 위함을 근본 목적으로 하고 있다. 본 연구소는 다변화, 과학화된 동물자원 분야에서 이론과 실제를 결부하는 연구활동 뿐만 아니라 학술 및 산학협동 활동 등을 인정받아 1991년에 교육부로부터 법정 연구소로 지정되었으며 1996년에는 이공계 첨단기자재 지원대상 연구소, 한우특성화대학 연구소로 지정되었고 1999년에는 학술진흥재단 대학 부설 중점연구소로 지정되었다. 이러한 지원과 국내외 동물자원 분야의 과학적 정립 및 연구, 발전이라는 고유한 목적 하에서 현재 국제적으로 축산업분야 중 심각한 문제를 가지고 있는 전염성 질병 및 그 대책 마련 등의 연구를 통해 현장애로 및 문제점을 해결하고, 실용적 축산 분뇨처리 방법 개발 및 새로운 축산물 가공품 개발과 유전공학 기법을 이용한 새로운 동물의 작출, 유전적 능력이 우수한 개체의 생산과 육종, 새로운 사료자원의 개발 등의 분야에서 세계적으로 선도적인 연구를 수행하고 있으며 관련분야에서 인정받는 국제적인 연구소로 발전하기 위해 노력을 기울이고 있다.

간행물

  • 간행물명
    동물자원연구 [Annals of Animal Resources Sciences]
  • 간기
    계간
  • pISSN
    1225-2964
  • eISSN
    2287-3317
  • 수록기간
    1999~2026
  • 등재여부
    KCI 등재
  • 십진분류
    KDC 527 DDC 636

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