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Compression Techniques Applied to DNA Data of Various Species
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- 발행기관
- 보안공학연구지원센터(IJBSBT) 바로가기
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- 간행물
- International Journal of Bio-Science and Bio-Technology SCOPUS 바로가기
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- 통권
- Vol.8 No.3 (2016.06)바로가기
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- 페이지
- pp.45-52
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- 저자
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- 언어
- 영어(ENG)
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- URL
- https://www.earticle.net/Article/A280018
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원문정보
초록
- 영어
- DNA sequences comprise of sequentially linked nucleotides, A, C, G and T. As a result of the genome projects, a significant amount of DNA sequences of various species are deposited in various databases. Human DNA contains about 3 billion base pairs. The number of genes within the DNA is 20,000 to 25,000. For storing DNA data of a single person, we require approximately 10 CD – ROMs. This amounts to huge data storage costs, subsequently making the use of these data such as analysis and retrieval quite challenging. DNA sequence analysis is useful in diverse areas such as forensics, medical research, pharmacy, agriculture etc. It is very necessary to address the storage issue of these exponentially growing data. In this paper we have implemented 4 different algorithms for DNA data compression: LZW (Lampel-ziv-Welch) algorithm, run length encoding algorithm, Arithmetic coding and Substitution method. The compression results on these algorithms are presented and compared on DNA sequence data of 10 different species.
목차
Abstract
1. Introduction
2. Method
3. Results
4. Conclusion
5. Future Work
References
키워드
DNA Data Retrieval Lampel-ziv-Welch (LZW) Run length encoding Arithmetic coding Substitution Method저자
간행물 정보
발행기관
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- 발행기관명
- 보안공학연구지원센터(IJBSBT) [Science & Engineering Research Support Center, Republic of Korea(IJBSBT)]
- 설립연도
- 2006
- 분야
- 공학>컴퓨터학
- 소개
- 1. 보안공학에 대한 각종 조사 및 연구 2. 보안공학에 대한 응용기술 연구 및 발표 3. 보안공학에 관한 각종 학술 발표회 및 전시회 개최 4. 보안공학 기술의 상호 협조 및 정보교환 5. 보안공학에 관한 표준화 사업 및 규격의 제정 6. 보안공학에 관한 산학연 협동의 증진 7. 국제적 학술 교류 및 기술 협력 8. 보안공학에 관한 논문지 발간 9. 기타 본 회 목적 달성에 필요한 사업
간행물
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- 간행물명
- International Journal of Bio-Science and Bio-Technology
- 간기
- 격월간
- pISSN
- 2233-7849
- 수록기간
- 2009~2016
- 등재여부
- SCOPUS
- 십진분류
- KDC 505 DDC 605
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