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한우의 전장 유전체 복제수 변이(CNV) 발굴 및 도체형질과의 연관성 분석
Genome-wide Copy Number Variations and Association Study with Carcass Traits in Hanwoo

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  • 발행기관
    강원대학교 동물생명과학연구소(구 강원대학교 동물자원공동연구소) 바로가기
  • 간행물
    동물자원연구 KCI 등재후보 바로가기
  • 통권
    제27권 1호 (2016.06)바로가기
  • 페이지
    pp.8-16
  • 저자
    신동현, 오재돈
  • 언어
    한국어(KOR)
  • URL
    https://www.earticle.net/Article/A279166

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원문정보

초록

영어
Copy number variation (CNV) is one of structural variation types that shows various numbers of copies in segments of the DNA. This study aimed to identify the association between copy number variation regions (CNVRs) and carcass traits in Hanwoo. We analyzed a total of 571 Hanwoo steers with the four carcass traits (marbling score (MS), backfat thickness (BF), carcass weight (CW), loineye muscle area (LMA)). PennCNV program was used to identify the CNVs and CNVRuler program was used to analyze the association between CNVRs and carcass traits. A total of 1,659 CNVRs were identified in the whole genome of Hanwoo. These 1,659 CNVRs divided into 415 Gain, 1082 Loss and 162 Gain/Loss events. A genome wide association analysis between the CNVRs and the carcass traits was performed using CNVRuler program. The number of significant CNVR at a threshold of p<1×10-4 was 2, 7, 2 and 1 loci for MS, BF, CW and LMA, respectively. We performed gene ontology (GO) analysis for the genes in the significant CNVRs using DAVID. ABCA2 and EDF1 were related to regulation of lipid metabolic process. C8G, TRAF2 and STAB2 were related to immune. CHST11 was related to developmental growth. Our results may provide an important resource for molecular breeding research in Hanwoo.

목차

ABSTRACT
 Ⅰ. 서론
 Ⅱ. 재료 및 방법
  1. 공시재료
  2. CNV 탐색
  3. 도체형질과의 연관성 분석
  4. 유전자 Annotation
 Ⅲ. 결과 및 고찰
 Ⅳ. 요약
 사사
 Ⅴ. REFERENCES

키워드

CNV (Copy number variation) SNP chip Hanwoo

저자

  • 신동현 [ Dong-Hyun Shin | 전북대학교 동물생명공학과 ]
  • 오재돈 [ Jae-Don Oh | 전북대학교 동물생명공학과 ] Corresponding author

참고문헌

자료제공 : 네이버학술정보

간행물 정보

발행기관

  • 발행기관명
    강원대학교 동물생명과학연구소(구 강원대학교 동물자원공동연구소) [Institute of Animal Life Science Kangwon National University]
  • 설립연도
    1999
  • 분야
    농수해양>축산학
  • 소개
    1970년 3월에 설립된 본 연구소는 국내외 동물자원에 관한 기초 및 응용연구를 통하여 축산업 발전을 선도하고 산학협동 체제를 강화하여 지역사회 발전에 기여함은 물론 통일에 대비한 북한 동물자원에 관한 연구를 체계적으로 수행하기 위함을 근본 목적으로 하고 있다. 본 연구소는 다변화, 과학화된 동물자원 분야에서 이론과 실제를 결부하는 연구활동 뿐만 아니라 학술 및 산학협동 활동 등을 인정받아 1991년에 교육부로부터 법정 연구소로 지정되었으며 1996년에는 이공계 첨단기자재 지원대상 연구소, 한우특성화대학 연구소로 지정되었고 1999년에는 학술진흥재단 대학 부설 중점연구소로 지정되었다. 이러한 지원과 국내외 동물자원 분야의 과학적 정립 및 연구, 발전이라는 고유한 목적 하에서 현재 국제적으로 축산업분야 중 심각한 문제를 가지고 있는 전염성 질병 및 그 대책 마련 등의 연구를 통해 현장애로 및 문제점을 해결하고, 실용적 축산 분뇨처리 방법 개발 및 새로운 축산물 가공품 개발과 유전공학 기법을 이용한 새로운 동물의 작출, 유전적 능력이 우수한 개체의 생산과 육종, 새로운 사료자원의 개발 등의 분야에서 세계적으로 선도적인 연구를 수행하고 있으며 관련분야에서 인정받는 국제적인 연구소로 발전하기 위해 노력을 기울이고 있다.

간행물

  • 간행물명
    동물자원연구 [Annals of Animal Resources Sciences]
  • 간기
    계간
  • pISSN
    1225-2964
  • eISSN
    2287-3317
  • 수록기간
    1999~2026
  • 등재여부
    KCI 등재
  • 십진분류
    KDC 527 DDC 636

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