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Efficient Exonic Regions Prediction in DNA Sequence Using Fast Converged Adaptive Filter
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- 발행기관
- 보안공학연구지원센터(IJSIP) 바로가기
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- 간행물
- International Journal of Signal Processing, Image Processing and Pattern Recognition 바로가기
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- 통권
- Vol.9 No.5 (2016.05)바로가기
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- 페이지
- pp.243-252
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- 저자
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- 언어
- 영어(ENG)
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- URL
- https://www.earticle.net/Article/A275494
※ 원문제공기관과의 협약기간이 종료되어 열람이 제한될 수 있습니다.
원문정보
초록
- 영어
- Signal processing takes an important role in genomic with enormous data available in public domain. Generally digital filters are applied to predict the protein and genes, but it needs to be redesigned when the characteristic frequency and periodic behavior is changed. In this paper proposed the novel adaptive algorithm which can identify the genes and proteins effectively from unified framework. First using the electron ion potential method the symbolic DNA sequences are converted in to digital signal. Secondly the filtering scheme for genomic signal processing with periodic behavior in biological sequence is introduced, which can predict and analyze the biological region that are interested in. finally the proposed adaptive filtering method is applied to recognize the exons of protein coding regions according to periodic-3 property. The exons prediction curves are obtained with Discrete Fourier Transform (DFT), Least mean square (LMS), and proposed Fast Recursive least Mean Square (F-RLS) algorithms. It is shown that proposed method shows efficiency in convergence of identification and precise prediction of exons regions compared to existed methods.
목차
Abstract
1. Introduction
2. Numerical Mapping of DNA Sequence
2.1. Spectral Content Measure Method
3. The Adaptive Filtering Approach for Genomic Signal Processing
3.1. The DFT
3.2. Least-Mean Square (LMS) Algorithm
3.3. Fast RLS Algorithm
4. Results
5. Conclusion
References
키워드
Exons DNA Genomic Signal Processing LMS F-RLS저자
간행물 정보
발행기관
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- 발행기관명
- 보안공학연구지원센터(IJSIP) [Science & Engineering Research Support Center, Republic of Korea(IJSIP)]
- 설립연도
- 2006
- 분야
- 공학>컴퓨터학
- 소개
- 1. 보안공학에 대한 각종 조사 및 연구 2. 보안공학에 대한 응용기술 연구 및 발표 3. 보안공학에 관한 각종 학술 발표회 및 전시회 개최 4. 보안공학 기술의 상호 협조 및 정보교환 5. 보안공학에 관한 표준화 사업 및 규격의 제정 6. 보안공학에 관한 산학연 협동의 증진 7. 국제적 학술 교류 및 기술 협력 8. 보안공학에 관한 논문지 발간 9. 기타 본 회 목적 달성에 필요한 사업
간행물
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- 간행물명
- International Journal of Signal Processing, Image Processing and Pattern Recognition
- 간기
- 격월간
- pISSN
- 2005-4254
- 수록기간
- 2008~2016
- 십진분류
- KDC 505 DDC 605
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