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An Efficient Compression Algorithm for Forthcoming New Species

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  • 발행기관
    보안공학연구지원센터(IJHIT) 바로가기
  • 간행물
    International Journal of Hybrid Information Technology 바로가기
  • 통권
    Vol.8 No.11 (2015.11)바로가기
  • 페이지
    pp.323-332
  • 저자
    Subhankar Roy, Sudip Mondal, Sunirmal Khatua, Moumita Biswas
  • 언어
    영어(ENG)
  • URL
    https://www.earticle.net/Article/A267981

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원문정보

초록

영어
Genomic repositories gradually increase individual and reference sequences, which shares long identical and near-identical strings of nucleotides. In this paper a lossless DNA data compression technique called Optimized Base Repeat Length DNA Compression (OBRLDNAComp) has been proposed, based upon redundancy of DNA sequences. For easy storage, retrieval time reducing and to find similarity within and between sequences compression is mandatory. OBRLDNAComp searches long identical and near-identical strings of nucleotides which are overlooked by other DNA specific compression algorithms. This technique is an optimal solution of longest possible exact repeat benefits towards compression ratio. It scans a sequence horizontally from left to right to find statistic of repeats then follow substitution technique to compress those repeats. The algorithm is straightforward and does not need any external reference file; it scans the individual file for compression and decompression. The achieved compression ratio 1.673 bpb outperforms many non-reference based compression methods.

목차

Abstract
 1. Introduction
 2. Background
 3. Proposed Method
  3.1. First Pass
  3.2. Second Pass
  3.3. OBRLDNAComp
  3.4. Decompression
 4. Experimental Results
 5. Concluding Remarks
 References

키워드

Redundancy Reference genome Longest Exact Repeats Non-repeat LZ77 and Compression Ratio

저자

  • Subhankar Roy [ Department of Computer Science and Engineering, Academy of Technology, G. T. Road, Aedconagar, Hooghly - 712121, W.B., India ]
  • Sudip Mondal [ Department of Computer Science and Engineering, University of Calcutta, 92, A.P.C. Road, Kolkata - 700009, W.B., India ]
  • Sunirmal Khatua [ Department of Computer Science and Engineering, University of Calcutta, 92, A.P.C. Road, Kolkata - 700009, W.B., India ]
  • Moumita Biswas [ Department of Computer Science and Engineering, University of Calcutta, 92, A.P.C. Road, Kolkata - 700009, W.B., India ]

참고문헌

자료제공 : 네이버학술정보

간행물 정보

발행기관

  • 발행기관명
    보안공학연구지원센터(IJHIT) [Science & Engineering Research Support Center, Republic of Korea(IJHIT)]
  • 설립연도
    2006
  • 분야
    공학>컴퓨터학
  • 소개
    1. 보안공학에 대한 각종 조사 및 연구 2. 보안공학에 대한 응용기술 연구 및 발표 3. 보안공학에 관한 각종 학술 발표회 및 전시회 개최 4. 보안공학 기술의 상호 협조 및 정보교환 5. 보안공학에 관한 표준화 사업 및 규격의 제정 6. 보안공학에 관한 산학연 협동의 증진 7. 국제적 학술 교류 및 기술 협력 8. 보안공학에 관한 논문지 발간 9. 기타 본 회 목적 달성에 필요한 사업

간행물

  • 간행물명
    International Journal of Hybrid Information Technology
  • 간기
    격월간
  • pISSN
    1738-9968
  • 수록기간
    2008~2016
  • 십진분류
    KDC 505 DDC 605

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