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A New Alignment Free Method for Phylogenetic Tree Construction
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- 발행기관
- 보안공학연구지원센터(IJDTA) 바로가기
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- 간행물
- International Journal of Database Theory and Application SCOPUS 바로가기
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- 통권
- Vol.8 No.6 (2015.12)바로가기
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- 페이지
- pp.111-124
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- 저자
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- 언어
- 영어(ENG)
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- URL
- https://www.earticle.net/Article/A267544
※ 원문제공기관과의 협약기간이 종료되어 열람이 제한될 수 있습니다.
원문정보
초록
- 영어
- In this paper various methods of sequence analysis which include the alignment based and alignment free methods of tree generation are reviewed and these find distance/similarity among the sequences of different species. Alignment free method based on tuple count and set theory is proposed and the results are compared with the guide tree obtained using alignment based method. The proposed method is tested on DNA sequence of length below 1000bp (dataset1) and Sequence of length above 16000bp (dataset2). It achieves the similar performance as that of the alignment based method but without the alignment phase.
목차
Abstract
1. Introduction
2. Alignment Free Methods for Sequence Analysis
3. The Proposed Method
4. Discussion of Results
5. Conclusions
References
키워드
sequence alignment phylogenetic nucleotide저자
간행물 정보
발행기관
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- 발행기관명
- 보안공학연구지원센터(IJDTA) [Science & Engineering Research Support Center, Republic of Korea(IJDTA)]
- 설립연도
- 2006
- 분야
- 공학>컴퓨터학
- 소개
- 1. 보안공학에 대한 각종 조사 및 연구 2. 보안공학에 대한 응용기술 연구 및 발표 3. 보안공학에 관한 각종 학술 발표회 및 전시회 개최 4. 보안공학 기술의 상호 협조 및 정보교환 5. 보안공학에 관한 표준화 사업 및 규격의 제정 6. 보안공학에 관한 산학연 협동의 증진 7. 국제적 학술 교류 및 기술 협력 8. 보안공학에 관한 논문지 발간 9. 기타 본 회 목적 달성에 필요한 사업
간행물
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- 간행물명
- International Journal of Database Theory and Application
- 간기
- 격월간
- pISSN
- 2005-4270
- 수록기간
- 2008~2016
- 십진분류
- KDC 505 DDC 605
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