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Insertion - Deletion as Informative Characters in DNA Barcoding

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  • 발행기관
    보안공학연구지원센터(IJMUE) 바로가기
  • 간행물
    International Journal of Multimedia and Ubiquitous Engineering SCOPUS 바로가기
  • 통권
    Vol.10 No.10 (2015.10)바로가기
  • 페이지
    pp.67-74
  • 저자
    Goutam Sanyal, Asim Kumar Mahadani, Pradosh Mahadani, Partha Bhattacharjee
  • 언어
    영어(ENG)
  • URL
    https://www.earticle.net/Article/A257258

※ 원문제공기관과의 협약기간이 종료되어 열람이 제한될 수 있습니다.

원문정보

초록

영어
DNA barcoding involve rapidly sequencing the standardized region from the genome for species identification and this homologous sequence information plays an important role to resolve the phylogenetic issues. However in case of complex groups, incorporation of insertion and deletion (Indel) informative sites in DNA barcode sequences are becoming more important due to low substitution rate. Indels are largely ignored in phylogenetics analysis and removed from sequence alignment assigning them a missing data. We review the current trends on mining the indels analysis, focusing especially on the topics of rapidly evolving indel containing loci and methods of indel treatment for phylogenetic relationship. Among the indel coding methods, Simple indel coding is easy to implement in indels contain sequences. But, this method does not utilized the all the available information and Complex Indel Coding rules are very difficult to translate into a clearly formulate algorithm for determining the values. But this coding method suffers from internal inconsistence when a long indel has a number of shorter subset indel and triangular in equality exists. However, SIDIER software package infer evolutionary relationships based on both the indels and substitutions. SIDIER is promising software for intra and inter specific calculation in DNA barcode studies as well as to infer phylogenetic relationships.

목차

Abstract
 1. Introduction
 2. Basic of Phylogenetics
 3. Insertion and Deletion (Indels)
  3.1. MaturaseK (matK)
  3.2. Internal Transcribed Spacer (ITS)
  3.3. D-Loop of Mitochondrial DNA
 4. Indel Coding Methods and Tools
 Acknowledgements
 References

키워드

Indel Gaps DNA Barcoding Simple Indel Coding Modified Complex Indel Coding

저자

  • Goutam Sanyal [ Department of Computer Science & Engineering, National Institute of Technology, Durgapur, West Bengal, India ]
  • Asim Kumar Mahadani [ Department of Computer Science & Engineering, Bankura Unnayani Institute of Engineering, West Bengal, India ]
  • Pradosh Mahadani [ Department of Genetics, ICAR- National Research Center for Orchids, Pakyong, Sikkim, India ]
  • Partha Bhattacharjee [ Department of Cybernetics, Central Mechanical Engineering Research Institute,Durgapur,India ]

참고문헌

자료제공 : 네이버학술정보

간행물 정보

발행기관

  • 발행기관명
    보안공학연구지원센터(IJMUE) [Science & Engineering Research Support Center, Republic of Korea(IJMUE)]
  • 설립연도
    2006
  • 분야
    공학>컴퓨터학
  • 소개
    1. 보안공학에 대한 각종 조사 및 연구 2. 보안공학에 대한 응용기술 연구 및 발표 3. 보안공학에 관한 각종 학술 발표회 및 전시회 개최 4. 보안공학 기술의 상호 협조 및 정보교환 5. 보안공학에 관한 표준화 사업 및 규격의 제정 6. 보안공학에 관한 산학연 협동의 증진 7. 국제적 학술 교류 및 기술 협력 8. 보안공학에 관한 논문지 발간 9. 기타 본 회 목적 달성에 필요한 사업

간행물

  • 간행물명
    International Journal of Multimedia and Ubiquitous Engineering
  • 간기
    월간
  • pISSN
    1975-0080
  • 수록기간
    2008~2016
  • 등재여부
    SCOPUS
  • 십진분류
    KDC 505 DDC 605

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