Study of Hybrid DNA Physical Mapping Based on Approximation Algorithm with Errors
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- 발행기관
- 보안공학연구지원센터(IJHIT) 바로가기
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- 간행물
- International Journal of Hybrid Information Technology 바로가기
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- 통권
- Vol.8 No.2 (2015.02)바로가기
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- 페이지
- pp.355-366
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- 저자
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- 언어
- 영어(ENG)
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- URL
- https://www.earticle.net/Article/A241957
※ 원문제공기관과의 협약기간이 종료되어 열람이 제한될 수 있습니다.
원문정보
초록
- 영어
- A human chromosome is a DNA molecule with approximately 108 base pairs. The techniques developed to date for sequencing are restricted to pieces of DNA with up to tens of thousands of base pairs. This means that when a piece is sequenced, only an extremely small part of a chromosome can be seen. Molecular biologists use special techniques to deal with DNA molecules comparable in size to a chromosome. These techniques enable them to create maps of an entire chromosome or of significant fractions of chromosomes. Computational techniques were studied that could potentially aid biologists in the map-generation process. An algorithm that solves the consecutive 1s problem was studied. Such a problem is a good model of hybridization mapping when there are no errors and when probes are unique. If errors are present, another approach is needed, and the approximation algorithm is a prospective problem solver for hybridization physical mapping of DNA with errors.
목차
Abstract
1. Introduction
2. TSP Graph Model
2.1. Build DNA Physical Mapping Model
2.2. Minimum-weight Cycle Computation of G Graph
2.3. NP-hard Problem
3. Main Title Algorithm Feasibility Analysis
3.1. DNA Physical Mapping Probe Permutation
3.2. Clones x Probes Binary Matrix
3.3. Hybridization Probability Computational
4. Computational Practice
4.1. Hybridization Mapping Algorithms
4.2. Consecutive 1s Problem Feature
4.3. Greedy TSP and Random Algorithm Compare
4.4. Heuristics for Hybridization Mapping
4.5. Obtaining a Good Probe Ordering
4.6. DNA Physical Mapping Algorithm Design
4.7. Algorithm Implications
5. Conclusion
Acknowledgements
References
키워드
Physical Mapping DNA Hybridization Probes matrix Greedy TSP Consecutive 1s Problem (C1P)저자
간행물 정보
발행기관
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- 발행기관명
- 보안공학연구지원센터(IJHIT) [Science & Engineering Research Support Center, Republic of Korea(IJHIT)]
- 설립연도
- 2006
- 분야
- 공학>컴퓨터학
- 소개
- 1. 보안공학에 대한 각종 조사 및 연구 2. 보안공학에 대한 응용기술 연구 및 발표 3. 보안공학에 관한 각종 학술 발표회 및 전시회 개최 4. 보안공학 기술의 상호 협조 및 정보교환 5. 보안공학에 관한 표준화 사업 및 규격의 제정 6. 보안공학에 관한 산학연 협동의 증진 7. 국제적 학술 교류 및 기술 협력 8. 보안공학에 관한 논문지 발간 9. 기타 본 회 목적 달성에 필요한 사업
간행물
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- 간행물명
- International Journal of Hybrid Information Technology
- 간기
- 격월간
- pISSN
- 1738-9968
- 수록기간
- 2008~2016
- 십진분류
- KDC 505 DDC 605
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