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A Web Application and Database for Agriculture Genetic Diversity and Association Studies

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  • 발행기관
    보안공학연구지원센터(IJBSBT) 바로가기
  • 간행물
    International Journal of Bio-Science and Bio-Technology SCOPUS 바로가기
  • 통권
    Vol.5 No.6 (2013.12)바로가기
  • 페이지
    pp.33-42
  • 저자
    James W. Baurley, Anzaludin S. Perbangsa, Anindito Subagyo, Bens Pardamean
  • 언어
    영어(ENG)
  • URL
    https://www.earticle.net/Article/A214601

※ 원문제공기관과의 협약기간이 종료되어 열람이 제한될 수 있습니다.

원문정보

초록

영어
Studies are underway to catalog genetic diversity in plants and animals and identify genetic variants predictive of economically important traits (e.g., yield, resistance to disease). The high-throughput DNA genotyping and sequencing technologies used in these studies produce large amounts of complex data. Agriculture geneticists are faced with numerous computational obstacles with storing, processing, and analyzing genetic and trait data. We introduce a web application for large-scale agriculture genetic diversity and association studies that aims to simplify and automate many of the data management and analysis tasks common across studies. We present a case study where our software is configured and populated with genome-wide data of over 750,000 genetic markers from the commercially available BovineHD array (Illumina Inc.). Our software is scalable to multiple species and applicable to a wide range of genotyping and sequencing technologies and study designs.

목차

Abstract
 1. Introduction
 2. Specification of the System
  2.1. Overview
  2.2. Database
  2.3. Application
 3. Case Study: Genome-wide Association Study for Growth Rate and Twinning of Cattle
 4. Discussion
 5. Conclusions
 Acknowledgements
 References

키워드

agriculture genetics genetic association study genome-wide genetic diversity bioinformatics statistical genetics agriculture information system animal breeding plant breeding

저자

  • James W. Baurley [ Bioinformatics Research Group; Bina Nusantara University Anggrek Campus - 7th Floor; Jl. Kebon Jeruk Raya No. 27; Jakarta, Indonesia 11480 ]
  • Anzaludin S. Perbangsa [ Bioinformatics Research Group; Bina Nusantara University Anggrek Campus - 7th Floor; Jl. Kebon Jeruk Raya No. 27; Jakarta, Indonesia 11480 ]
  • Anindito Subagyo [ Bioinformatics Research Group; Bina Nusantara University Anggrek Campus - 7th Floor; Jl. Kebon Jeruk Raya No. 27; Jakarta, Indonesia 11480 ]
  • Bens Pardamean [ Bioinformatics Research Group; Bina Nusantara University Anggrek Campus - 7th Floor; Jl. Kebon Jeruk Raya No. 27; Jakarta, Indonesia 11480 ]

참고문헌

자료제공 : 네이버학술정보

간행물 정보

발행기관

  • 발행기관명
    보안공학연구지원센터(IJBSBT) [Science & Engineering Research Support Center, Republic of Korea(IJBSBT)]
  • 설립연도
    2006
  • 분야
    공학>컴퓨터학
  • 소개
    1. 보안공학에 대한 각종 조사 및 연구 2. 보안공학에 대한 응용기술 연구 및 발표 3. 보안공학에 관한 각종 학술 발표회 및 전시회 개최 4. 보안공학 기술의 상호 협조 및 정보교환 5. 보안공학에 관한 표준화 사업 및 규격의 제정 6. 보안공학에 관한 산학연 협동의 증진 7. 국제적 학술 교류 및 기술 협력 8. 보안공학에 관한 논문지 발간 9. 기타 본 회 목적 달성에 필요한 사업

간행물

  • 간행물명
    International Journal of Bio-Science and Bio-Technology
  • 간기
    격월간
  • pISSN
    2233-7849
  • 수록기간
    2009~2016
  • 등재여부
    SCOPUS
  • 십진분류
    KDC 505 DDC 605

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