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Gene Co-Expression Network Analysis of Reproductive Traits in Bovine Genome

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  • 발행기관
    한국동물생명공학회(구 한국동물번식학회) 바로가기
  • 간행물
    Reproductive & developmental biology 바로가기
  • 통권
    Volume 37 No 4 (2013.12)바로가기
  • 페이지
    pp.185-192
  • 저자
    Dajeong Lim, Yong-Min Cho, Seung-Hwan Lee, Han-Ha Chai, Tae-Hun Kim
  • 언어
    영어(ENG)
  • URL
    https://www.earticle.net/Article/A210406

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원문정보

초록

영어
Many countries have implemented genetic evaluation for fertility traits in recent years. In particular, reproductive trait is a complex trait and need to require a system-level approach for identifying candidate genes related to the trait. To find the candidate gene associated with reproductive trait, we applied a weighted gene co-expression network analysis from expression value of bovine genes. We identified three co-expressed modules associated with reproductive trait from bovine microarray data. Hub genes (ZP4, FHL2 and EGR4) were determined in each module; they were topologically centered with statistically significant value in the gene co-expression network. We were able to find the highly co-expressed gene pairs with a correlation coefficient. Finally, the crucial functions of co-expressed modules were reported from functional enrichment analysis. We suggest that the network-based approach in livestock may an important method for analyzing the complex effects of candidate genes associated with economic traits like reproduction.

목차

ABSTRACT
 INTRODUCTION
 MATERIALS AND METHODS
  Identification of Candidate Genes Associated with the Pregnancy Rate
  Gene Co-Expression Network Construction and Net workModule Identification
  Functional Enrichment Analysis
 RESULTS AND DISCUSSION
  Identification of the Global Co-Expression Network
  Detection of Co-Expression Gene Modules Related to the Pregnancy Rate
 REFERENCES

키워드

Reproduction Gene Co-expression Network (GCN) Cattle

저자

  • Dajeong Lim [ Division of Animal Genomics and Bioinformatics, National Institute of Animal Science, RDA, Suwon 441-706, Korea ] Corresponding author
  • Yong-Min Cho [ Division of Animal Genomics and Bioinformatics, National Institute of Animal Science, RDA, Suwon 441-706, Korea ]
  • Seung-Hwan Lee [ Hanwoo Experiment Station, National Institute of Animal Science, RDA, Pyungchang, 232-950, Korea ]
  • Han-Ha Chai [ Division of Animal Genomics and Bioinformatics, National Institute of Animal Science, RDA, Suwon 441-706, Korea ]
  • Tae-Hun Kim [ Division of Animal Genomics and Bioinformatics, National Institute of Animal Science, RDA, Suwon 441-706, Korea ]

참고문헌

자료제공 : 네이버학술정보

간행물 정보

발행기관

  • 발행기관명
    한국동물생명공학회(구 한국동물번식학회) [The Korean Society of Animal Reproduction and Biotechnology]
  • 설립연도
    1976
  • 분야
    농수해양>축산학
  • 소개
    동물번식생리학, 동물생명공학, 수의학, 인공수정 및 수정란이식을 이용한 동물개량에 관한 이론과 기술의 발전을 통해 학계, 연구계, 산업계 및 양축가 상호간의 협력을 도모함으로써 동물과학발전 및 사회일반의 이익에 기여 한다는 목적을 위해 노력해 나가겠습니다.

간행물

  • 간행물명
    Reproductive & developmental biology
  • 간기
    계간
  • pISSN
    1738-2432
  • eISSN
    2288-0151
  • 수록기간
    1977~2018
  • 십진분류
    KDC 527 DDC 636

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