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A Review On Pathway Analysis Software Based On Microarray Data Interpretation

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  • 발행기관
    보안공학연구지원센터(IJBSBT) 바로가기
  • 간행물
    International Journal of Bio-Science and Bio-Technology SCOPUS 바로가기
  • 통권
    Vol.5 No.4 (2013.08)바로가기
  • 페이지
    pp.149-158
  • 저자
    Abdul Hakim Mohamed Salleh, Mohd Saberi Mohamad, Safaai Deris, Rosli Md. Illias
  • 언어
    영어(ENG)
  • URL
    https://www.earticle.net/Article/A207177

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원문정보

초록

영어
Recent advancement in microarray technologies and large high throughput data generated has made it very challenging to decipher and draw a feasible biological conclusion from current microarray experiments. The difficulty arises when the number of samples available for analysis is smaller than the huge numbers of genes that need to be considered. Currently, pathway analysis is a preferable tool in extracting and understanding the biological information obtained from high throughput experiments. It is essential to analyze microarray experiments along with their biological information to represent the underlying structure of the biological network. Currently, there are numerous software developed for pathway analysis available with the same goal of mining the information from the microarray experiments with biological relevance over the extensive amounts of data. This paper discusses the comparisons between pathway analysis software in terms of their performance, advantages and limitations as well as the available pathway databases in terms of their data availability and organization. The aim of this review is to provide a better understanding of the capabilities of these software and helps to select the tools most suited for a particular purpose.

목차

Abstract
 1. Introduction
 2. Pathway Analysis Software for Microarray Data
  2.1. ArrayXpath [7]
  2.2. Pathway Miner [15]
  2.3. PathRanker [16]
  2.4. SPIA [20]
  2.5. MAPPFinder [21]
 3. Pathway Databases as the Source for Biological Data
 4. Discussion and Conclusion
 Acknowledgement
 References[1] H. Kitano, “Introduction

키워드

Analysis software biological pathway microarray data pathway analysis pathway database

저자

  • Abdul Hakim Mohamed Salleh [ Artificial Intelligence and Bioinformatics Group, Faculty of Computing, Universiti Teknologi Malaysia ]
  • Mohd Saberi Mohamad [ Artificial Intelligence and Bioinformatics Group, Faculty of Computing, Universiti Teknologi Malaysia ] corresponding author
  • Safaai Deris [ Artificial Intelligence and Bioinformatics Group, Faculty of Computing, Universiti Teknologi Malaysia ]
  • Rosli Md. Illias [ Department of Bioprocess Engineering, Faculty of Chemical Engineering, Universiti Teknologi Malaysia ]

참고문헌

자료제공 : 네이버학술정보

간행물 정보

발행기관

  • 발행기관명
    보안공학연구지원센터(IJBSBT) [Science & Engineering Research Support Center, Republic of Korea(IJBSBT)]
  • 설립연도
    2006
  • 분야
    공학>컴퓨터학
  • 소개
    1. 보안공학에 대한 각종 조사 및 연구 2. 보안공학에 대한 응용기술 연구 및 발표 3. 보안공학에 관한 각종 학술 발표회 및 전시회 개최 4. 보안공학 기술의 상호 협조 및 정보교환 5. 보안공학에 관한 표준화 사업 및 규격의 제정 6. 보안공학에 관한 산학연 협동의 증진 7. 국제적 학술 교류 및 기술 협력 8. 보안공학에 관한 논문지 발간 9. 기타 본 회 목적 달성에 필요한 사업

간행물

  • 간행물명
    International Journal of Bio-Science and Bio-Technology
  • 간기
    격월간
  • pISSN
    2233-7849
  • 수록기간
    2009~2016
  • 등재여부
    SCOPUS
  • 십진분류
    KDC 505 DDC 605

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