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Dynamic Programming for Protein Sequence Alignment

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  • 발행기관
    보안공학연구지원센터(IJBSBT) 바로가기
  • 간행물
    International Journal of Bio-Science and Bio-Technology SCOPUS 바로가기
  • 통권
    Vol.5 No.2 (2013.04)바로가기
  • 페이지
    pp.141-150
  • 저자
    Zhi-min Zhou, Zhong-wen Chen
  • 언어
    영어(ENG)
  • URL
    https://www.earticle.net/Article/A207115

※ 원문제공기관과의 협약기간이 종료되어 열람이 제한될 수 있습니다.

원문정보

초록

영어
Dynamic programming is a method for solving complex problems by breaking them down into simpler subproblems. This idea is very insightful for solving bioinformatics problems. Aligning distantly related protein sequences is a long-standing problem in bioinformatics and a key for successful protein structure prediction. A fast and valid algorithm can benefit the whole process of biology research. In this paper, we introduce an algorithm that given a certain evaluation function, will calculate the optimal alignment by dynamic programming.

목차

Abstract
 1. Introduction
  1.1. Background
  1.2. Our Result
 2. Dynamic Programming
  2.1. The Algorithm
  2.2. The Tool: BioConductor
  2.3. The Result
  2.4. Remarks
 3. Local Search Alignment
  3.1 The Algorithm
  3.2 The Tool: BLAST
  3.3 The Result
 4. Progressive Alignment
  4.1 The Algorithm
  4.2 The Tool: ClustalW
  4.3 The Result
 5. Online Tools Implementations
  5.1 MultiIdent
  5.2 EGM
  5.3 FASTA
  5.4 FFAS
 References

키워드

algorithm bioinformatics protein sequence alignment

저자

  • Zhi-min Zhou [ Department of Computer Science Zhejiang Water Conservancy And Hydropower College, Hangzhou, China ]
  • Zhong-wen Chen [ Department of Computer Science Zhejiang Water Conservancy And Hydropower College, Hangzhou, China ]

참고문헌

자료제공 : 네이버학술정보

간행물 정보

발행기관

  • 발행기관명
    보안공학연구지원센터(IJBSBT) [Science & Engineering Research Support Center, Republic of Korea(IJBSBT)]
  • 설립연도
    2006
  • 분야
    공학>컴퓨터학
  • 소개
    1. 보안공학에 대한 각종 조사 및 연구 2. 보안공학에 대한 응용기술 연구 및 발표 3. 보안공학에 관한 각종 학술 발표회 및 전시회 개최 4. 보안공학 기술의 상호 협조 및 정보교환 5. 보안공학에 관한 표준화 사업 및 규격의 제정 6. 보안공학에 관한 산학연 협동의 증진 7. 국제적 학술 교류 및 기술 협력 8. 보안공학에 관한 논문지 발간 9. 기타 본 회 목적 달성에 필요한 사업

간행물

  • 간행물명
    International Journal of Bio-Science and Bio-Technology
  • 간기
    격월간
  • pISSN
    2233-7849
  • 수록기간
    2009~2016
  • 등재여부
    SCOPUS
  • 십진분류
    KDC 505 DDC 605

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