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String Matching Evaluation Methods for DNA Comparison

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  • 발행기관
    보안공학연구지원센터(IJAST) 바로가기
  • 간행물
    International Journal of Advanced Science and Technology 바로가기
  • 통권
    Vol.47 (2012.10)바로가기
  • 페이지
    pp.13-32
  • 저자
    Izzat Alsmadi, Maryam Nuser
  • 언어
    영어(ENG)
  • URL
    https://www.earticle.net/Article/A206821

※ 원문제공기관과의 협약기간이 종료되어 열람이 제한될 수 있습니다.

원문정보

초록

영어
Studying patterns in DNA sequences has been for years the subject of many research papers in bioinformatics. This paper evaluates two algorithms used for DNA comparison. Those are: Longest Common Substring and Subsequence (LCS, LCSS). Evaluation is performed based on the different code implementations for those two algorithms. Accuracy and performance are the two major criteria that are used for the evaluation of algorithms’ implementation. Results showed that while those two algorithms are popular, their implementations are not consistent through research papers or websites that use and implement those algorithms for DNA sequence comparison.

목차

Abstract
 1. Introduction
  1.1 Techniques to Detect Documents Similarity
  1.2. Why DNA Sequence Comparison?
  1.3. DNA Sequence Alignment
  1.4 DNA Comparison and Analysis Tools
  1.5 DNA Document Similarity Applications and Algorithms.
 2. Related Work
 3- Goals and Approaches
  3.1 LCS Pseudo Codes
  3.2 LCSS Algorithms
 4. Case Study
 5. Analysis and Comparison
 6. Conclusion
 References

키워드

DNA similarity algorithms string search DNA sequence comparison DNA analysis pattern recognition Longest Common Substring Longest Common Subsequence

저자

  • Izzat Alsmadi [ Computer Information Systems Dept. / Yarmouk University ]
  • Maryam Nuser [ Computer Information Systems Dept. / Yarmouk University ]

참고문헌

자료제공 : 네이버학술정보

간행물 정보

발행기관

  • 발행기관명
    보안공학연구지원센터(IJAST) [Science & Engineering Research Support Center, Republic of Korea(IJAST)]
  • 설립연도
    2006
  • 분야
    공학>컴퓨터학
  • 소개
    1. 보안공학에 대한 각종 조사 및 연구 2. 보안공학에 대한 응용기술 연구 및 발표 3. 보안공학에 관한 각종 학술 발표회 및 전시회 개최 4. 보안공학 기술의 상호 협조 및 정보교환 5. 보안공학에 관한 표준화 사업 및 규격의 제정 6. 보안공학에 관한 산학연 협동의 증진 7. 국제적 학술 교류 및 기술 협력 8. 보안공학에 관한 논문지 발간 9. 기타 본 회 목적 달성에 필요한 사업

간행물

  • 간행물명
    International Journal of Advanced Science and Technology
  • 간기
    월간
  • pISSN
    2005-4238
  • 수록기간
    2008~2016
  • 십진분류
    KDC 505 DDC 605

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