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Temperature Dependency on Conformational Sampling of 12-Crown-4 by Simulated Annealing

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  • 발행기관
    조선대학교 기초과학연구원 바로가기
  • 간행물
    통합자연과학논문집(구 조선자연과학논문집) KCI 등재 바로가기
  • 통권
    제6권 1호 (2013.03)바로가기
  • 페이지
    pp.8-11
  • 저자
    Changdev G. Gadhe, Seung Joo Cho
  • 언어
    영어(ENG)
  • URL
    https://www.earticle.net/Article/A196746

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원문정보

초록

영어
In this manuscript, we report a protocol to determine most of the lowest energy conformations from the ensemble of conformations. 12-crown-4 was taken as study compound to get the most of energy minima conformations. Molecular dynamic (MD) simulation for 1 nanosecond (ns) was performed at 300, 500, 700, 900 and 1100 K temperature. At particular interval conformations were sampled. Then Gaussian program was used to minimize compounds using PM6 energy levels. Duplicates were removed by checking energy as well as mirror image conformations, and only unique conformations were retained for the next 6-31+G* level minimization. It was observed that upto certain increment in temperature the number of unique conformations were increased, but afterword it decreased.

목차

Abstract
 1. Introduction
 2. Experimental Section
 3. Results and Discussion
 4. Conclusion
 References

키워드

Molecular Dynamics Simulated Annealing Conformational Sampling PM6 6-31

저자

  • Changdev G. Gadhe [ Department of Biochemistry, Centre for Bioinformatics, University of Madras, Guindy campus, Guindy, Chennai-600025, India ] Corresponding author
  • Seung Joo Cho [ Department of Bio-New Drug Development and Department of Cellular · Molecular Medicine and Research Center for Resistant Cells, College of Medicine, Chosun University, Gwangju 501-759, Korea ] Corresponding author

참고문헌

자료제공 : 네이버학술정보

간행물 정보

발행기관

  • 발행기관명
    조선대학교 기초과학연구원 [The Natural Science Research Institute of Chosun]
  • 설립연도
    2008
  • 분야
    자연과학>자연과학일반
  • 소개
    본 연구원은 기초과학을 진흥하기 위한 연구·교육 및 그 보급을 목적으로 한다. 이 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 사업을 수행한다. 1. 기초과학 제 분야에 관한 조사와 연구 2. 기초과학에 관한 학술행사(학술대회, 학술세미나, 심포지엄, 초청강연회 등) 개최 3. 학문후속세대 및 일반인을 위한 기초과학 교육 4. 기관지『조선자연과학논문지』 발간 5. 『자연과학연구총서』, 『자연과학번역총서』 등 단행본 발간 6. 기타 본 연구원의 목적과 관련된 사업

간행물

  • 간행물명
    통합자연과학논문집(구 조선자연과학논문집) [Journal of Integrative Natural Science]
  • 간기
    계간
  • pISSN
    2005-1042
  • 수록기간
    2008~2025
  • 등재여부
    KCI 등재
  • 십진분류
    KDC 405 DDC 505

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