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소분자 도킹에서의 평가함수의 개발 동향
Recent Development of Scoring Functions on Small Molecular Docking

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  • 발행기관
    조선대학교 기초과학연구원 바로가기
  • 간행물
    통합자연과학논문집(구 조선자연과학논문집) KCI 등재후보 바로가기
  • 통권
    제3권 1호 (2010.03)바로가기
  • 페이지
    pp.49-53
  • 저자
    정환원, 조승주
  • 언어
    한국어(KOR)
  • URL
    https://www.earticle.net/Article/A153886

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원문정보

초록

영어
Molecular docking is a critical event which mostly forms Van der waals complex in molecular recognition. Since the majority of developed drugs are small molecules, docking them into proteins has been a prime concern in drug discovery community. Since the binding pose space is too vast to cover completely, many search algorithms such as genetic algorithm, Monte Carlo, simulated annealing, distance geometry have been developed. Proper evaluation of the quality of binding is an essential problem. Scoring functions derived from force fields handle the ligand binding prediction with the use of potential energies and sometimes in combination with solvation and entropy contributions. Knowledge-based scoring functions are based on atom pair potentials derived from structural databases. Forces and potentials are collected from known protein-ligand complexes to get a score for their binding affinities (e.g. PME). Empirical scoring functions are derived from training sets of protein-ligand complexes with determined affinity data. Because non of any single scoring function performs generally better than others, some other approaches have been tried. Although numerous scoring functions have been developed to locate the correct binding poses, it still remains a major hurdle to derive an accurate scoring function for general targets. Recently, consensus scoring functions and target specific scoring functions have been studied to overcome the current limitations.

목차

Abstract
 1. 평가함수의 중요성
 2. 평가함수의 양자역학적 배경
 3. 평가함수의 개발
  3.1. 기본 원리를 이용한 평가함수 (force-field based scoring functions)
  3.2. 실험 data를 활용한 평가함수 (empirical scoring functions)
  3.3. 구조 data를 활용한 평가함수 (knowledge based scoring functions)
 4. 평가함수의 평가
  4.1. 평가함수를 평가하는데 관련된 문제들
  4.2. 평가함수들을 평가한 결과
 5. 미래의 평가함수
 참고문헌

키워드

Small Molecule Search Algorithm Docking Scoring targeted scoring function

저자

  • 정환원 [ Hwan Won Chung | 한국과학기술연구원 계산과학연구센터 ]
  • 조승주 [ Seung Joo Cho | 조선대학교 의과대학 세포분자 연구센터 ] Corresponding author

참고문헌

자료제공 : 네이버학술정보

간행물 정보

발행기관

  • 발행기관명
    조선대학교 기초과학연구원 [The Natural Science Research Institute of Chosun]
  • 설립연도
    2008
  • 분야
    자연과학>자연과학일반
  • 소개
    본 연구원은 기초과학을 진흥하기 위한 연구·교육 및 그 보급을 목적으로 한다. 이 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 사업을 수행한다. 1. 기초과학 제 분야에 관한 조사와 연구 2. 기초과학에 관한 학술행사(학술대회, 학술세미나, 심포지엄, 초청강연회 등) 개최 3. 학문후속세대 및 일반인을 위한 기초과학 교육 4. 기관지『조선자연과학논문지』 발간 5. 『자연과학연구총서』, 『자연과학번역총서』 등 단행본 발간 6. 기타 본 연구원의 목적과 관련된 사업

간행물

  • 간행물명
    통합자연과학논문집(구 조선자연과학논문집) [Journal of Integrative Natural Science]
  • 간기
    계간
  • pISSN
    2005-1042
  • 수록기간
    2008~2026
  • 등재여부
    KCI 등재
  • 십진분류
    KDC 405 DDC 505

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