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소분자 도킹에서의 탐색알고리듬의 현황
Recent Development of Search Algorithm on Small Molecule Docking
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- 발행기관
- 조선대학교 기초과학연구원 바로가기
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- 간행물
- 통합자연과학논문집(구 조선자연과학논문집) 바로가기
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- 통권
- 제2권 2호 (2009.06)바로가기
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- 페이지
- pp.55-58
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- 저자
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- 언어
- 한국어(KOR)
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- URL
- https://www.earticle.net/Article/A153849
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원문정보
초록
- 영어
- A ligand-receptor docking program is an indispensible tool in modern pharmaceutical design. An accurate prediction of small molecular docking pose to a receptor is essential in drug design as well as molecular recognition. An effective docking program requires the ability to locate a correct binding pose in a surprisingly complex conformational space. However, there is an inherent difficulty to predict correct binding pose. The odds are more demanding than finding a needle in a haystack. This mainly comes from the flexibility of both ligand and receptor. Because the searching space to consider is so vast, receptor rigidity has been often applied in docking programs. Even nowadays the receptor may not be considered to be fully flexible although there have been some progress in search algorithm. Improving the efficiency of searching algorithm is still in great demand to explore other applications areas with inherently flexible ligand and/or receptor. In addition to classical search algorithms such as molecular dynamics, Monte Carlo, genetic algorithm and simulated annealing, rather recent algorithms such as tabu search, stochastic tunneling, particle swarm optimizations were also found to be effective. A good search algorithm would require a good balance between exploration and exploitation. It would be a good strategy to combine algorithms already developed. This composite algorithms can be more effective than an individual search algorithms.
목차
Abstract
1. 탐색알고리듬의 중요성
2. 고전적 탐색 알고리듬
2.1. MC (Monte Carlo 탐색)
2.2. MD (Molecular Dynamics) 탐색
2.3. SA (Simulated Annealing)
2.4. GA (Genetic Algorithm)
3. 최근의 탐색 알고리듬 개발 동향
3.1. STUN (Stochastic Tunneling)
3.2. PSO (Particle Swarm Optimization)
3.3. Tabu 탐색
4. 결론
참고문헌
키워드
Small Molecule Search Algorithm Docking Scoring Induced fit저자
간행물 정보
발행기관
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- 발행기관명
- 조선대학교 기초과학연구원 [The Natural Science Research Institute of Chosun]
- 설립연도
- 2008
- 분야
- 자연과학>자연과학일반
- 소개
- 본 연구원은 기초과학을 진흥하기 위한 연구·교육 및 그 보급을 목적으로 한다. 이 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 사업을 수행한다. 1. 기초과학 제 분야에 관한 조사와 연구 2. 기초과학에 관한 학술행사(학술대회, 학술세미나, 심포지엄, 초청강연회 등) 개최 3. 학문후속세대 및 일반인을 위한 기초과학 교육 4. 기관지『조선자연과학논문지』 발간 5. 『자연과학연구총서』, 『자연과학번역총서』 등 단행본 발간 6. 기타 본 연구원의 목적과 관련된 사업
간행물
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- 간행물명
- 통합자연과학논문집(구 조선자연과학논문집) [Journal of Integrative Natural Science]
- 간기
- 계간
- pISSN
- 2005-1042
- 수록기간
- 2008~2026
- 등재여부
- KCI 등재
- 십진분류
- KDC 405 DDC 505
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