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포스터 발표 : 유전자 및 대사공학

Improving the Genome-scale Prediction of Metabolic Fluxes Based on Genomic Context and Flux-converging Pattern Analyses

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  • 발행기관
    한국생물공학회 바로가기
  • 간행물
    한국생물공학회 학술대회 바로가기
  • 통권
    2011년도 한국생물공학회 춘계학술발표대회 (2011.04)바로가기
  • 페이지
    pp.196-196
  • 저자
    Hye Min PARK, Jong Myoung PARK, Tae Yong KIM, Sang Yup LEE
  • 언어
    영어(ENG)
  • URL
    https://www.earticle.net/Article/A144778

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원문정보

초록

영어
Constraints-based flux analysis including flux balance analysis (FBA) of a genome-scale metabolic allows calculation of intracellular metabolic fluxes by optimizing an objective function and has found numerous applications in the field of systems biology and biotechnology. However, the FBA simulation without additional information has some problems such the inaccurate prediction of internal metabolic fluxes and existence of multiple solutions for an optimal objective value (e.g., growth rate) because of redundancy of reactions in genome-scale metabolic model. Here, we report a strategy for accurate prediction of metabolic fluxes based on FBA combined with grouping reaction constraints that restrict the achievable flux ranges of grouped reactions by genomic context analyses and flux-converging pattern analyses. FBA of Escherichia coli genome-scale metabolic model was carried out to validate the strategy under several different genotypic and environmental conditions. The predicted flux values by applying the constraints were in good agreement with the experimentally measured fluxes. [This work was supported by the Korean Systems Biology Research Project (20100002164) of the Ministry of Education, Science and Technology (MEST) through the National Research Foundation of Korea. Further support by the World Class University Program (R32-2008-000-10142-0) through the National Research Foundation of Korea funded by the MEST is appreciated.]

키워드

flux balance analysis 13C-based flux genome-scale metabolic model metabolic engineering

저자

  • Hye Min PARK [ Metabolic and Biomolecular Engineering National Research Laboratory, Department of Chemical and Biomolecular Engineering (BK21 Program), KAIST, Daejeon, 305-701. ]
  • Jong Myoung PARK [ Metabolic and Biomolecular Engineering National Research Laboratory, Department of Chemical and Biomolecular Engineering (BK21 Program), KAIST, Daejeon, 305-701. ]
  • Tae Yong KIM [ Metabolic and Biomolecular Engineering National Research Laboratory, Department of Chemical and Biomolecular Engineering (BK21 Program), KAIST, Daejeon, 305-701. ]
  • Sang Yup LEE [ Metabolic and Biomolecular Engineering National Research Laboratory, Department of Chemical and Biomolecular Engineering (BK21 Program), KAIST, Daejeon, 305-701. ]

참고문헌

자료제공 : 네이버학술정보

간행물 정보

발행기관

  • 발행기관명
    한국생물공학회 [The Korean Society for Biotechnology and Bioengineering]
  • 설립연도
    1984
  • 분야
    공학>생물공학
  • 소개
    이 법인은 생물 공학의 발전과 보급에 이바지하고, 회원 상호 간의 연구 협력과 친목을 도모함을 목적으로 한다 1. 생물공학 분야의 발전을 위한 연구 협력 2. 생물공학의 실용화를 촉진시키기 위한 산학 협동 3. 학술연구 발표회, 강연회, 연수회 등 학술활동의 개최 4. 국,영문 학술지,소식지,학술회의 Proceedings 및 학술도서의 발간 5. 생물공학 발전을 위한 정책 건의 6. 기타 국제 교류 등 본 학회의 목적 달성을 위한 제반 활동

간행물

  • 간행물명
    한국생물공학회 학술대회
  • 간기
    반년간
  • 수록기간
    1985~2013
  • 십진분류
    KDC 476 DDC 576

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