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유전자 및 대사공학 분야

Finding Novel Transcriptional Regulators Using Microarray Data in Streptomyces Coelicolor

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  • 발행기관
    한국생물공학회 바로가기
  • 간행물
    한국생물공학회 학술대회 바로가기
  • 통권
    2009 춘계학술대회 및 국제심포지움 (2009.04)바로가기
  • 페이지
    pp.143-143
  • 저자
    Bo-rahm LEE, Sungyong YOU, Eunjung SONG, Byung-gee KIM, Daehee HWANG
  • 언어
    영어(ENG)
  • URL
    https://www.earticle.net/Article/A104855

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원문정보

초록

영어
The Gram-positive soil bacterium, S. coelicolor A3(2) produces various antibiotics. There are various approaches to improve antibiotics production and we focused transcriptional regulators. By controlling not only pathway-specific transcriptional regulators but also novel regulators, we can control antibiotics production. To find novel regulators, we used DACA method developed in our lab, and the method to analyse microarray data. It is possible to get the raw array data from the NCBI’s GEO. We obtained 11 Streptomyces GEO datasets, which are the mRNA expression data from various conditions. After combining every dataset, we performed normalization. And we compared every normalized profile with interesting antibiotics cluster profiles, and in this case, we used RED cluster and ACT cluster. By using Pearson product-moment correlation, we selected 119 genes using RED cluster and 85 genes using ACT cluster. Our hypothesis is that genes which show similar expression profiles with antibiotics cluster have possibility to affect antibiotics production. In conclusion, we found 15 regulator genes, some are already reported and the others are not yet reported, but studied in our lab.

키워드

Streptomyces coelicolor microarray regulator

저자

  • Bo-rahm LEE [ School of Chemical and Biological Engineering, Seoul National University, Seoul, 151-742, South Korea. ]
  • Sungyong YOU [ I-Bio Program, POSTECH, San 31 Hyoja-dong, Nam-gu Pohang, Kyoungbuk, Korea. ]
  • Eunjung SONG [ School of Chemical and Biological Engineering, Seoul National University, Seoul, 151-742, South Korea. ]
  • Daehee HWANG [ I-Bio Program, POSTECH, San 31 Hyoja-dong, Nam-gu Pohang, Kyoungbuk, Korea. ]
  • Byung-gee KIM [ School of Chemical and Biological Engineering, Seoul National University, Seoul, 151-742, South Korea. ]

참고문헌

자료제공 : 네이버학술정보

간행물 정보

발행기관

  • 발행기관명
    한국생물공학회 [The Korean Society for Biotechnology and Bioengineering]
  • 설립연도
    1984
  • 분야
    공학>생물공학
  • 소개
    이 법인은 생물 공학의 발전과 보급에 이바지하고, 회원 상호 간의 연구 협력과 친목을 도모함을 목적으로 한다 1. 생물공학 분야의 발전을 위한 연구 협력 2. 생물공학의 실용화를 촉진시키기 위한 산학 협동 3. 학술연구 발표회, 강연회, 연수회 등 학술활동의 개최 4. 국,영문 학술지,소식지,학술회의 Proceedings 및 학술도서의 발간 5. 생물공학 발전을 위한 정책 건의 6. 기타 국제 교류 등 본 학회의 목적 달성을 위한 제반 활동

간행물

  • 간행물명
    한국생물공학회 학술대회
  • 간기
    반년간
  • 수록기간
    1985~2013
  • 십진분류
    KDC 476 DDC 576

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