Earticle

초록

영어

An analytical system detecting DNA particularly utilizing a concept of membrane strip chromatography initially applied to home-version tests for, such as, pregnancy and ovulation has been developed. We have chosen S. typhimurium as model analyte among food-contaminating microorganisms that occurred in high frequencies, and used invA gene, as a detection target, specific to Salmonella species. This gene was able to be amplified by PCR under optimal conditions employing newly designed primers in our laboratory. The PCR product was specifically measured via hybridization between the analyte and a DNA probe, which was a totally different feature from the conventional gel electrophoresis detecting the products based only on the molecular size. It is notable that the DNA probe sequence was specially designed such that no separation of excess primers present after PCR was required. This was immobilized on a nitrocellulose (NC) membrane via streptavidin-biotin linkage minimizing a steric effect when the hybridization with the amplified DNA took place. The analytical system detected the microorganism in a concentration of minimum 103 cfu/mL (i.e., 10 cells per system), estimated from the standard curve, 20 to 40 minutes after adding the sample. This sensitivity was approximately 10 times higher than that of gel electrophoresis as an analytical tool conventionally used. Furthermore, the assay was able to be run at room temperature, which would offer an extra advantage to users.

한국어

임신이나 배란진단과 같이 가정에서 직접 사용할 수 있는 형태의 membrane strip 크로마토그래피 방법을 이용하여 식중독 균 DNA 분석시스템을 개발 하였다. 분석물질로서는 빈번하게 발생하고 있는 식중독 미생물 중에서 S. typhimurium을 선택하였으며, Salmonella 종에 특이한 유전자 부위인 invA 유전자 분석을 목표로 하였다. 우선 이 유전자는 본 실험실 내에서 설계한 primer 쌍을 사용한 PCR 공정을 통하여 증폭되었다. 이렇게 증폭한 산물을 본 연구자들이 설계한 DNA probe와의 hybridization을 통하여 분석함으로써 전통적으로 사용하고 있는 전기영동 분석법의 단순히 분자크기에 의한 분리법과 비교하여 특이한 분석을 할 수 있었다. 이때 PCR 후 과량으로 잔존하는 primer를 별도로 제거하지 않고
hybridization을 수행할 수 있도록 특별하게 DNA probe를 설계하였다. 또한, probe가 증폭된 DNA와 hybridization 하였을 때 고체표면에 의한 간섭효과가 최소화되도록 설계 시 반영되었고 더욱이 streptavidin-비오틴의 결합을 이용하여 probe를 고정함으로써 고상에서의 상호작용이 더욱 용이하도록 배려하였다. 이러한 분석방법을 이용하여 분석한 결과 시료첨가 후 20-40분 정도에 최소 103fu/mL (10 cells/system) 농도의 박테리아를 분석할 수 있었다. 이러한 결과는 일반적으로 사용하는 전기영동법보다 약 10배정도 더 민감한 결과일 뿐만 아니라 실험실 기기를 사용하지 않고 분석을 수행함으로써
분석시료가 제공되는 현장에서도 식중독 균의 탐지가 가능하게 되었다.

목차

Abstract
 서론
 재료 및 방법
  재료
  균주 배양
  균주 농도 측정
  Genomic DNA 추출
  PCR
  고정화용 DNA probe 제조
  항체와 colloidal gold 간 중합
  DNA probe 고정화 및 신호발생패드 제조
  시료첨가패드 제조
  유전자분석 strip 제작
  PCR 반응액 분석
 결과 및 고찰
  유전자 크로마토그래피 분석원리
  Primers 및 DNA Probe 제작
  분석조건 최적화 및 농도응답
  발색신호 발생
  Probe 고정화 위
  농도응답
 요약
 REFERENCES

키워드

저자

• 김석하 [ Serka Kim | 고려대학교 생명공학원 ]
• 정우성 [ Woo-Sung Jung | 고려대학교 생명공학원 ]
• 백세환 [ Se-Hwan Paek | 고려대학교 생명공학원, 고려대학교 자연과학대학 생명정보공학과 ] Corresponding author

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• 간행물명

  KSBB Journal

• 간기

  격월간

• pISSN

  1225-7117

• 수록기간

  2009~2013

• 십진분류

  KDC 476 DDC 576