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연구논문

COG 알고리즘을 통한 Proteobacteria의 보존적 유전자 파악
Detection of Conserved Genes in Proteobacteria by using a COG Algorithm

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  • 발행기관
    한국생물공학회 바로가기
  • 간행물
    KSBB Journal KCI 등재 바로가기
  • 통권
    제17권 제6호 (2002.12)바로가기
  • 페이지
    pp.560-565
  • 저자
    이동근, 강호영, 이재화, 김철민
  • 언어
    한국어(KOR)
  • URL
    https://www.earticle.net/Article/A101199

※ 원문제공기관과의 협약기간이 종료되어 열람이 제한될 수 있습니다.

원문정보

초록

영어
A COG(clusters of orthologous groups of proteins) algorithm was used to detect conserved genes within Proteobacteria and to figure out their relationships. Restricting comparison to the sequences of 42 procaryotes, 33 eubacteria and 16 Proteobacteria, the number of conserved genes was increased. All analyzed procaryotes shared 75 COGs. COG0195, COG0358 and COG0528 were only represented by the 42 procaryotes. Sixtyfour COGs were added as conserved
genes in 33 eubacteria. Each Proteobacteria group has a unique repertoire of COGs. Metabolic COGs were more diverse in the beta Proteobacteria group than in the other groups. These results could be used to determine the origins and the evolutionary relationships of Proteobacteria. The possibilities of detecting new biological molecules is high in phylogenetically related organisms, hence the identification of useful proteins by using this algorithm is possible.
한국어
생태계에서 중요한 역할을 담당하는 단백세균(Proteobacteria)의 보존적유전자(conserved gene)를 파악하고 서로간의 유연 관계를 밝히고자 clusters of orthologous groups of proteins(COG) 알고리즘을 이용한 접근법을 시도하였다. 42종의 원핵생물과 33종의 진정세균, 16종의 단백세균으로 가면서 보존적유전자가 증가하는 것을 확인하였다. 분석대상 원핵생물모두에서 75종의 COG 즉 보존적 유전자가 관찰되었다. COG0195, COG0358 그리고 COG0528은 원핵생물에서만 관찰되어 새로운 분류의 parameter로 이용될 가능성이 있는 것으로 추측되었다. 64종류의 보존적 유전자가 33종의 진정세균(eubacteria)에서 관찰되었다. 이는 각 분류단계를 특징짓는 새로운 COG의 추가에 의한 결과로 사료되었다. 각 단백세균 그룹은 독자적인 COG 레퍼토리를 소유하였으며 물질대사에 관련된 보존적 유전자는 beta 그룹이 다른 그룹에 비해 다양한 것을 확인하였다. 본 연구는 단백세균의 기원과 진화적 유연관계를 파악하는데 도움을 줄뿐만 아니라 향후 세균분류학과 생명공학에 필수적인 유용유전자 탐색 등에서도 충분한
연구가치가 있는 것으로 사료되었다.

목차

Abstract
 서론
 재료 및 방법
  재료
  보존적 유전자 탐색
 결과 및 고찰
 요약
 REFERENCES

키워드

Clusters of orthologous groups of proteins (COG) conserved gene Proteobacteria

저자

  • 이동근 [ Dong-Geun Lee | 신라대학교 마린바이오산업화지원센터 ]
  • 강호영 [ Ho-Young Kang | 부산대학교 유전공학연구소부설 생물정보학센터, 부산대학교 의과대학부설 부산지놈센터 ]
  • 이재화 [ Jae-Hwa Lee | 신라대학교 마린바이오산업화지원센터, 신라대학교 공과대학 생명공학과 ]
  • 김철민 [ Cheol-Min Kim | 부산대학교 유전공학연구소부설 생물정보학센터, 부산대학교 의과대학부설 부산지놈센터 ] Corresponding author

참고문헌

자료제공 : 네이버학술정보

간행물 정보

발행기관

  • 발행기관명
    한국생물공학회 [The Korean Society for Biotechnology and Bioengineering]
  • 설립연도
    1984
  • 분야
    공학>생물공학
  • 소개
    이 법인은 생물 공학의 발전과 보급에 이바지하고, 회원 상호 간의 연구 협력과 친목을 도모함을 목적으로 한다 1. 생물공학 분야의 발전을 위한 연구 협력 2. 생물공학의 실용화를 촉진시키기 위한 산학 협동 3. 학술연구 발표회, 강연회, 연수회 등 학술활동의 개최 4. 국,영문 학술지,소식지,학술회의 Proceedings 및 학술도서의 발간 5. 생물공학 발전을 위한 정책 건의 6. 기타 국제 교류 등 본 학회의 목적 달성을 위한 제반 활동

간행물

  • 간행물명
    KSBB Journal
  • 간기
    격월간
  • pISSN
    1225-7117
  • 수록기간
    2009~2013
  • 십진분류
    KDC 476 DDC 576

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