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연구논문

DNA chip 통합분석 프로그램을 이용한 효모의 세포주기 유전자 발현 통합 데이터의 분석
Analysis of Combined Yeast Cell Cycle Data by Using the Integrated

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  • 발행기관
    한국생물공학회 바로가기
  • 간행물
    KSBB Journal KCI 등재후보 바로가기
  • 통권
    제16권 제6호 (2001.12)바로가기
  • 페이지
    pp.538-546
  • 저자
    양영렬, 허철구
  • 언어
    한국어(KOR)
  • URL
    https://www.earticle.net/Article/A101079

※ 원문제공기관과의 협약기간이 종료되어 열람이 제한될 수 있습니다.

원문정보

초록

영어
An integrated data analysis program for DNA chip containing normalization, FOM analysis, various kinds of clustering
methods, PCA, and SVD was applied to analyze combined yeast cell cycle data. This paper includes both comparisons
of some clustering algorithms such as K-means, SOM and fuzzy c-means and their results. For further analysis,
clustering results from the integrated analysis program was used for function assignments to each cluster and for motif
analysis. These results show an integrated analysis view on DNA chip data.
한국어
효모의 세포주기 관련 유전자 발현 통합 데이터를 사용하여 본 연구실에서 개발한 유전자 발현 통합 분석프로그램을 사용하여, 클러스터링 알고리즘의 성능을 비교하고 데이터내에 존재하는 클러스터 개수를 추정하기 위해 FOM 분석을 적용하였으며, 이 분석방법을 통하여 K-means, SOM, Fuzzy c-means 클러스터링 방법의 성능을 서로 비교하였다. 클러스터 개수를 추정한 다음 3가지 클러스터링 방법에 대한 클러스터링 결과 비교, 클러스터의 기능할당 및 모티프 분석을 시도하였다. 본 논문에서 제시하는 분석 방법은 DNA chip 발현 데이터의 일반적인 분석방법으로 유전자 발현 패턴의 유사성을 토대로 한 클러스터링 방법에 근간을 두고 있다. 본 논문에서는 클러스터링한 후 각 클러스터의 기능할당 및
모티프 분석에 대한 일반적인 분석방법을 제시하였으며, 본 연구실에서 개발한 유전자 발현분석 통합 프로그램이 효율적으로 사용될 수 있음을 보여주고 있다.

목차

Abstract
 서론
 재료 및 방법
 결과 및 고찰
  FOM 분석에 의한 K-means, SOM, Fuzzy c-means의 클러스터링 알고리즘 성능비교
  K-means, SOM, Fuzzy c-means 클러스터링 결과
  각 클러스터의 기능 할당(Function assignment)및 모티프분석(Motif analysis
 요약
 REFERENCES

키워드

DNA chip expression profile analysis integrated data analysis program function assignment motif analysis Matlab

저자

  • 양영렬 [ Young Lyeol Yang | 한국생명공학연구원 국가유전체 정보센타 ]
  • 허철구 [ Cheol Goo Hur | 한국생명공학연구원 국가유전체 정보센타 ]

참고문헌

자료제공 : 네이버학술정보

간행물 정보

발행기관

  • 발행기관명
    한국생물공학회 [The Korean Society for Biotechnology and Bioengineering]
  • 설립연도
    1984
  • 분야
    공학>생물공학
  • 소개
    이 법인은 생물 공학의 발전과 보급에 이바지하고, 회원 상호 간의 연구 협력과 친목을 도모함을 목적으로 한다 1. 생물공학 분야의 발전을 위한 연구 협력 2. 생물공학의 실용화를 촉진시키기 위한 산학 협동 3. 학술연구 발표회, 강연회, 연수회 등 학술활동의 개최 4. 국,영문 학술지,소식지,학술회의 Proceedings 및 학술도서의 발간 5. 생물공학 발전을 위한 정책 건의 6. 기타 국제 교류 등 본 학회의 목적 달성을 위한 제반 활동

간행물

  • 간행물명
    KSBB Journal
  • 간기
    격월간
  • pISSN
    1225-7117
  • 수록기간
    2009~2013
  • 십진분류
    KDC 476 DDC 576

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